El Seminario de San Luis, fundado en 1594, nació bajo la Restauración escolástica. Queda el testimonio de la enseñanza del padre Ignacio de Arbieto “apasionado discípulo del eximio doctor Padre Francisco Suárez, cuyas obras tenía sumadas y así tan impromptu, todas sus opiniones, como quien las había escrito” (Furlong, 1952, p. 206). Queda también el dato de la enseñanza del padre Juan Perlín que después pasaría a Europa y enseñaría en Alcalá, Madrid, Colonia. El mismo Francisco Suárez vio en el padre Perlín la persona idónea para que desarrollara el sistema filosófico que se ajustara a la Teología.
La universidad de San Gregorio se fundó en 1622 en un ambiente definitivamente impregnado por los autores de la Compañía. En la Teología se respetaba la autoridad de Santo Tomás, pero en la filosofía el autor preferido fue Antonio Rubio, a tal punto que se seguía su Cursus físicamente con lo que se evitaba el escribir; de allí la escasez de manuscritos de la primera mitad del siglo XVII.
Los profesores de San Gregorio de esta época que más se distinguieron fueron, a nuestro juicio, el padre Antonio Ramón de Moncada, cuya fama ha llegado hasta nosotros; el “sapientísimo” Íñigo Pérez de la Justicia, su Physica merece una consideración especial por tratarse de un texto situado dentro de los primeros treinta años de San Gregorio. Poco después serían considerados verdaderos “clásicos” quiteños, los padres Isidro Gallego, Diego de Ureña, Sebastián Luis Abad, Baltasar Ignacio de Pinto y Florencio Santos, “sujeto de monstruosa capacidad (para la filosofía) siendo de solo 24 años” (Velasco, 1973b, p. 232). Una consideración especial merece el padre Sebastián Luis Abad en cuyos textos parecen haber datos suficientes para considerarlo un lejano precursor de la Filosofía moderna en Quito.
El Escolasticismo de reminiscencias agustinianas se hizo también presente en Quito a principios del siglo XVII con la fundación de la Universidad San Fulgencio (1603) regentada por los padres agustinos. De la Filosofía que se dictaba en este centro hemos podido rescatar un manuscrito de Physica del padre Leonardo de Araujo, de 1618. Por tratarse de uno de los primeros manuscritos del siglo XVII que se han conservado merece un estudio detenido que ponga de relieve las características de la escolástica que impartían los agustinos de esa época.
Las otras órdenes religiosas, depositarias de las distintas vertientes escolásticas, incentivaron también la enseñanza de la Filosofía en Quito. Hacia 1630, los dominicos habían llegado a un punto culminante en los estudios de Filosofía y Teología bajo la autoridad suprema de Santo Tomás. En la segunda mitad del siglo XVII, los dominicos buscaron implantar en Quito un colegio especial para doce de los mejores estudiantes de toda la Provincia que se dedicarían al estudio de la alta Filosofía y Teología de Santo Tomás. Sin embargo, este proyecto no se llevó a efecto porque todos los esfuerzos de los dominicos se concentraron –en el último cuarto del siglo XVII- en la fundación del Colegio de San Fernando y de la Universidad de Santo Tomás, que se realizó en 1688.
Las Constituciones de la orden dominicana señalaban que se debía seguir obligatoriamente la doctrina de Santo Tomás. Y para Quito se determinó expresamente que se siga el texto a la letra de la Summa Theológica y, como introducción a esa obra el libro De Locis Theologicis de Melchor Ceno. En Filosofía se ordenó que se siga el Cursus del padre Antonio Goudin, Theologo. No se han encontrado textos manuscritos de la enseñanza de los dominicos en el siglo XVII; esto prueba quizá su apego al texto de un autor determinado, con lo cual evitaban el escribir.
Los franciscanos, por su parte, enseñaron regularmente el escotismo en sus conventos de Quito a lo largo del siglo XVII. A fines del siglo XVI fundaron la Recolección de San Diego donde impusieron estudios de Filosofía y Teología. En la segunda mitad del siglo XVII fundaron el Colegio de San Buenaventura, importante centro de cultura que llegó a ser considerada como “universidad inoficial” y en el que descollaron notables profesores de Filosofía como Bartolomé de Ibarra, Juan Cavallero, Manuel Argandoño y José Janed, cuyos cursos manuscritos juxta Duns Scotti mentem esperan el estudio y valoración de los especialistas.
No quedaría completo el panorama filosófico del siglo XVII si omitiéramos las obras filosóficas de Alonso y Leonardo Peñafiel, jesuitas riobambeños que descollaron en Lima. Y fuera de las aulas se forjaron también obras notables que merecen estudios filosóficos: tal es el caso de El perfecto confesor y cura de almas de Juan Machado de Chávez; de El más escondido retiro del alma, obra mística de José Maldonado; de Gobierno eclesiástico-pacífico de Gaspar de Villarroel, y, sobre todo, del Itinerario para Párrocos de Indios del obispo Alonso de la Peña y Montenegro, obra de pastoral indigenista de la que se puede extraer las concepciones filosóficas que la escolástica de entonces tenía sobre el indígena.
El siglo XVII fue el siglo de la Restauración escolástica en Quito. Aristóteles seguía siendo el maestro supremo. A falta de un conocimiento directo de sus obras, se seguían las sistematizaciones de Santo Tomás, Scoto y Suárez, y junto con ellos, las obras de los comentadores más notables de la Restauración: Gabriel Vázquez, Luis de Molina, Gregorio de Valencia, Antonio Rubio, Francisco de Oviedo, Rodrigo de Arriaga, Pedro Hurtado, Sebastián Izquierdo, en la corriente jesuítica; Juan de Santo Tomás, Antonio Goudin, Juan Siro Ubadano, en la escuela tomista; Wadding y Merinero, en la vertiente escolástica. En este siglo se fundaron tres Universidades en Quito, fuera de otros tantos Colegios; en ellos la filosofía académica encontró su consolidación y desarrollo, pero también su círculo vicioso.
3.3. La Escolástica decadente en Quito: 1688-1736
A finales del siglo XVII y principios del siglo XVIII las diferencias entre las diversas corrientes escolásticas se acentuaron a tal punto que las conclusiones públicas sustentadas por las órdenes religiosas se convirtieron en largas y acaloradas disputas. Estas conclusiones públicas en las que se defendían encarnizadamente las respectivas posiciones filosóficas encendieron muchas veces los ánimos y hasta perturbaron la administración audiencial. Los presidentes de la Audiencia tuvieron que intervenir públicamente en dos ocasiones (al principio y en el segundo cuarto del siglo XVIII) para reglamentar estos actos públicos.
Esta situación beligerante era ya un síntoma de que la Escolástica en Quito se encerraba paulatinamente en las universidades y conventos religiosos para concentrarse en la defensa a ultranza de sus diferencias sobre la base de razonamientos de toda índole y apelando a autoridades de todo calibre. La decadencia se manifestaba palpablemente en el tratamiento de asuntos inútiles sobre la base de sutilezas increíbles que, por fortalecer los puntos de diferencia de cada corriente, debilitaron la escolástica en general a tal punto que, a mediados de siglo, tendrá que ceder ante el avance incontenible de la filosofía moderna.
Las refutaciones a los contrarios constituyeron la parte medular de la Escolástica de la primera mitad del siglo XVIII. Un caso en el que se palpa objetivamente esta característica decadente es el curso del padre Jacinto Morán de Butrón –jesuita de notables dotes para la filosofía- que prácticamente pulveriza a los nominalistas, escotistas, tomistas y recentiores contraria. Pero, paradójicamente, esta cerrada defensa de su doctrina no era un signo de vitalidad sino de decadencia.
Por otro lado, la infiltración de la Filosofía moderna y de las ciencias experimentales era cada vez mayor. La Congregación General de los jesuitas de 1706 desechó el sistema de Descartes y elaboró un catálogo de 30 proposiciones cartesianas que no podían sostenerse por ningún concepto en las aulas jesuitas. La Congregación General de los jesuitas de 1730 volvió a prohibir no sólo el sistema de Descartes sino también los sistemas atomistas derivados del cartesianismo, como los propugnados por Manuel Maignan, Juan Saguens y Tomás Vicente Tosca.
En el último tercio del siglo XVII el padre Sebastián Luis Abad había mencionado a Descartes en Quito en su curso filosófico. En el primer cuarto de siglo XVII –y a pesar de las expresas prohibiciones de los superiores