Ameghino creía en los proyectos de Moreno, ligados al nuevo orden político de la Argentina resultado de la revolución de 1880, la nacionalización de la ciudad y de la aduana de Buenos Aires. En esos años se estaba decidiendo el emplazamiento de la ciudad para la administración provincial y el destino y reparto de las instituciones de la nueva capital de la nación; entre otras, los museos, la biblioteca y el archivo. Así, recién llegado de Europa, en septiembre de 1881 compartía con su hermano Juan el entusiasmo ante la inminente creación de un nuevo museo porteño, similar a aquellos visitados en Europa. Traía una colección “más numerosa de la que había llevado”, compuesta por quince mil piezas escogidas de fósiles y de objetos prehistóricos. Estos objetos, junto con los hallazgos realizados en su ausencia por Carlos y Juan, permitían fundar “un Museo de fósiles”, asunto del que prometía ocuparse seriamente. Evaluaba, asimismo, llevar a sus dos hermanos como empleados: de esa manera repetirían las excursiones a los que los venía acostumbrando desde la niñez. Carlos había nacido en 1865, Juan en 1859.
Juan respondía conmovido, contándole que todo el campo uruguayo estaba sembrado de piedras de cuarzo, muy pocas con la forma de algún instrumento. Tampoco había oído de huesos o moluscos fósiles. Sin embargo, le habían llegado noticias de que del otro lado del río, cerca de Gualeguaychú, se habían encontrado huesos humanos mezclados con piedras y alfarería. Como la palabra “museo” podía tener varios significados, preguntaba si se trataba de uno “particular tuyo” o “uno por cuenta del Gobierno”, como el que en septiembre se anunciaba en los diarios de Montevideo según un telegrama de Buenos Aires: en acuerdo de gabinete, se había autorizado al ministro de Instrucción de la nación para solicitar fondos en el Congreso para instalar en la capital, y sobre bases iguales, un museo semejante al que posee la provincia de Buenos Aires. Florentino, al contestarle, definiría sus propósitos y alianzas necesarias:
Mi intención era fundar un establecimiento en alguna otra población de la República que no fuese Buenos Aires, para estar allí completamente independiente; pero no he podido conseguirlo; y tampoco me habría reportado grandes ventajas, porque a excepción de Buenos Aires las otras localidades no pueden disponer más que de recursos muy limitados. Viendo estos inconvenientes, me propuse fundar ese establecimiento en la misma ciudad de Buenos Aires; pero para combatir la oposición y el prestigio de Burmeister yo solo no era suficiente. Así, pues, me he puesto de acuerdo con Moreno para fundar un gran Museo en la ciudad de Buenos Aires, y el proyecto ya ha sido aceptado por el Gobierno y las Cámaras, de modo que dentro de pocos días será cosa hecha. El Museo será nacional, y el Museo público que dirige el Dr. Burmeister será suprimido o saldrá a la campaña, allí donde se lleve la Capital de la provincia de Buenos Aires. El nuevo establecimiento será un gran Museo por el estilo de los de Europa. Yo quedaré a cargo de la Sección paleontológica, con la facultad de viajar por toda la República y países limítrofes en busca de fósiles y objetos prehistóricos, teniendo, además de mi sueldo, todos los gastos de viaje pagados por el Gobierno. Tan pronto como haya reunido un número bastante crecido de fósiles será necesario un preparador y entonces te pondré al corriente y te haré nombrar para ese puesto; pero esto no será hasta el mes de Enero o el de Febrero del año próximo.
El ruido que Burmeister había generado frente a esta noticia le había impedido visitarlo en Fray Bentos. Pero ahora, muy pronto, empezaría a desempeñarse en su nuevo cargo y podría hacerlo con los gastos y viáticos del gobierno. Su deseo: contar con un lugar donde depositar las colecciones, estudiar sin interferencias pero como funcionario del Estado. Y para ello se aliaba con su nuevo amigo.
El proyecto para el museo, informado a las Cámaras el 25 de octubre, había sido estudiado en comisión, la cual, sustituyendo el original enviado por el Poder Ejecutivo, autorizaba “para gastar hasta la suma de cinco mil pesos en esploraciones, con el fin de adquirir objetos, que, con los que existen, sirvan para la fundación de un Museo Nacional de Arqueolojia, Antropolojia é Historia Natural”. La propuesta del Ejecutivo había sido otra: establecer un museo nacional. Los senadores, con la alternativa propuesta, querían “hacer economías positivas creyendo que esto no era de carácter urgente y que podía haber sido aplazado para ser tratado en las sesiones del año próximo”. Pero tampoco querían dejar de “hacer honor á un talento argentino como lo es el doctor Moreno, naturalista muy distinguido; y bien merece la pena que se haga este gasto, á fin de que este señor complete la colección que tenia de varios objetos disecados, cráneos, etc.”. El senador a cargo de explicar el despacho de la comisión prefirió no ahondar en el asunto, dejándole la palabra al ministro de Justicia, Culto e Instrucción Pública, el doctor Manuel D. Pizarro (1841-1909), presente en la sesión, donde también se discutiría un proyecto para la construcción de un nuevo edificio para la nacionalizada Universidad de Buenos Aires.
“¿Cuánto puede gastarse en la formación de un museo?”, preguntaba el ministro en voz alta, sin brindar una respuesta, aceptando de buen grado la propuesta de la comisión, sin considerarla como excluyente o contradictoria con la suya sino, todo lo contrario, como un primer paso de algo con costo indeterminado. En esos mismos años (1882, 1883), el Museo Público erogaba, en personal, 12.300 pesos, y el Museo Antropológico 6.500 pesos al mes, una diferencia surgida de la cantidad de empleados y los salarios de los directores. El primero contaba con un inspector y bibliotecario, un preparador, un ayudante y un cazador. Si el ministro hubiese querido contestarse, podría haber informado que el Museo Público costaba anualmente 193.800 pesos y el Museo Antropológico, 108.000 pesos. Los sueldos de los directores representaban el 44,58 por ciento para el primero y el 55 por ciento para el segundo. Aristóbulo del Valle (1845-1896), senador por Buenos Aires y un antiguo defensor de subvenciones para la obra de Moreno, se presentó al debate con datos concretos para mantener el objetivo de estas colecciones, es decir, la fundación de un Museo Nacional de Arqueología, Antropología e Historia Natural, al cual, reconocía, debía fijársele un límite de gastos. En la Cámara de Senadores se rumoreaba que la provincia cedería a la nación el Museo Antropológico de Moreno. La comisión, sin rodeos, expresaba que el motivo principal para promover el museo residía en Moreno: titubeando acerca de su urgencia, querían, en cambio, agraciar al naturalista, quien, además de sus virtudes como explorador, contaba con inmejorables dotes y conexiones para las relaciones públicas. Por otro lado, la comisión consideraba que había una necesidad coyuntural e inmediata: la exhibición de esos objetos del museo en la próxima Exposición Continental a celebrarse en Buenos Aires en 1882. El presupuesto nacional era escaso para comprometerse con instituciones y el largo plazo, pero generoso con algunos individuos y los acontecimientos efímeros.
La colección de fósiles como actividad comercial otorgaba a los particulares la posibilidad de sobrevivir a través de la compra-venta o los subsidios del Estado. Pero, como bien veían Burmeister y Moreno, mientras los fósiles y las antigüedades permanecieran en el circuito de la propiedad privada, “el museo nacional” estaría sujeto a un drenaje permanente. El empleo en el Estado y el cuidado público de las colecciones fomentarían la constitución de un fondo enajenable. Del Valle defendía la letra del proyecto del Poder Ejecutivo: “Modificado este pensamiento como lo ha hecho la Comisión del Interior, sucedería esto: que se harían grandes esploraciones, se traerían las riquezas que existen en los distintos puntos de nuestro territorio y no habría siquiera donde colocarlas, porque el Gobierno de la Nación no estaría autorizado para la fundación del museo, ni aún para aceptar el museo planteado por el Gobierno de la Provincia cuya conservación reclama gastos”.
El proyecto siguió su curso como “fomento del museo” y se debatió en la Cámara de Diputados el día 13 de diciembre, al tratarse la “provisión, conservación y fomento de los establecimientos de Instrucción Superior”. Se solicitaban 500 pesos “Para fomento del Museo Antropolójico y arqueológico” (alquiler de casa, sueldo de empleados, viajes al interior de la república y a las costas patagónicas), mientras que el señor Moreno, diputado por Buenos Aires, propuso “en reemplazo de esa partida 8ª del ítem 1º, un ítem 2º, con el título ‘Museo Nacional. - Para sus gastos, ochocientos pesos fuertes al mes. - Para gastos de instalación, cinco mil pesos fuertes’. Esta última partida por una sola vez”. La creación del Museo Nacional, aprobada en Senadores y en la comisión respectiva de la