Спонсировали ремонт храма Государственный навигационно-гидрографический научно-исследовательский институт ВМФ, возглавляемый выпускником с отличием Штурманского факультета 1972 года контр-адмиралом доктором технических наук С. П. Алексеевым, и ФГУНПП «Севморгео», возглавляемое также выпускником Штурманского факультета 1978 года капитаном 1 ранга запаса кандидатом технических наук М. Ю. Шкатовым (в это время автор был заместителем генерального директора этого морского геологического научно-производственного предприятия по геоэкологии).
15 июля 2009 г. Морской корпус Петра Великого – Санкт-Петербургский военно-морской институт вошел в состав Военного учебно-научного центра (ВУНЦ) ВМФ «Военно-морская академия имена адмирала флота Советского Союза Н. Г. Кузнецова» на правах филиала.
28 марта 2010 года в восстановленном храме Морского корпуса состоялся молебен, посвященный окончанию ремонтных работ и началу функционирования домовой церкви Санкт-Петербургской епархии (фото современного иконостаса храма на вклейке 5.1). Настоятелем храма стал протоиерей Александр (Паничкин Александр Филиппович).
Безликий Военный (военно-морской) институт ВУНЦ ВМФ (2012 – по наст. вр.)
Приказом Министра обороны («мебельщика» Сердюкова) №545 от 12 марта 2012 года состоялось бездарное, без уважения к традициям «Гнезда Петрова», переименование филиала ВУНЦ ВМФ «Санкт-Петербургский военно-морской институт – Морской корпус Петра Великого» в безликое «Военный (военно-морской) институт».
Не тратя слов на «мебельщика» (много чести для него), все же хочется узнать, что было в головах наших военно-морских начальников, некоторые из которых заканчивали ВВМУ им. М. В. Фрунзе, готовивших данный приказ? Слово «военный», стоящее на первом месте, что должно было подчеркнуть – что «военно-морской» это не значит военный? Почему было проявлено также неуважение не только к «Гнезду Петрову», но и к самому его основателю Петру I? Такое же неуважение было проявлено и к другим филиалам ВУНЦ, имевшим славные и широко известные имена, например, ВВМУРЭ им. А. С. Попова и другим. Где передача флотских традиций? Как можно воспитать любовь и уважение курсантов к своему учебному заведению?