В 1926 году без учета гидрографов было выпущено 110 человек, среди которых был будущий легендарный Нарком ВМФ адмирал флота Советского Союза Николай Герасимович Кузнецов, будущий начальник этого же училища Семен Спиридонович Рамишвили и многие другие.
В Училище значительно повысилось качество учебной работы: были созданы новые лаборатории и кабинеты, вводились новые учебные планы, существенно изменялось содержание программ военно-морских дисциплин, были изданы новые учебники.
Летом 1927 году в Училище состоялся шестой выпуск – 109 командиров с основного и старшего специального курсов и 11 гидрографов.
В 1927 году прием курсантов на Гидрографический отдел Училища был прекращен и было принято решение готовить гидрографов на Специальных курсах командного состава флота после окончания ими ВМУ им. М. В. Фрунзе.
В 1928 г. осенью Училище отпраздновало свое 10-летие, подчеркнув свою преемственность от Курсов командного состава флота.
В наступившем учебном году были введены новые дисциплины: Электромеханические навигационные приборы, Военно-химическое дело (вместо общей химии), Проекционное черчение и Начертательная геометрия.
В 1928 г. из ВМУ им. М. В. Фрунзе были выпущены оставшиеся курсанты-гидрографы. Среди выпускников этого периода: контр-адмирал А. В. Солодунов, ставший начальником Гидрографической службы Черноморского флота в годы Великой Отечественной войны, капитаны 1 ранга В. И. Алексеев, К. С. Галанин, В. Д. Куликов, Ю. В. Ладинский, С. М. Ламыкин, А. Я. Панов, много сделавшие для развития Гидрографической службы СССР.
В 1929 году в связи с переходом на 4-летний срок обучения в Училище выпуска не производилось.
21 октября 1930 года начальником и комиссаром Училища был назначен Алексей Николаевич Татаринов, достаточно быстро завоевавший заслуженный авторитет у курсантов и преподавателей. Уже со второго полугодия в Училище вновь началась раздельная подготовка курсантов по специальностям штурманской, артиллерийской и минно-торпедной.
Среди выпускников 1931 года: С. Г. Горшков, прошедший путь от курсанта до заместителя Министра обороны – Главнокомандующего ВМФ СССР, а также будущий адмирал Военно-морского флота (ВМФ) В. А. Касатонов, в послевоенные годы командовавший Краснознаменными флотами: Балтийским, Черноморским и Северным. Среди выпускников 1931 года были также известные в последующем флотоводцы: А. Г. Чабаненко, командовавший Северным флотом, а затем ставший помощником начальника Генерального штаба ВС СССР по ВМФ, С. Е. Чурсин, командовавший после войны Черноморским флотом, И. И. Банков, командовавший Тихоокеанским флотом и Ленинградской ВМБ, Герой Советского Союза Н. П. Египко