В 1991—1998 гг. в условиях экономического и политического кризиса в стране ситуация в Училище резко ухудшилась. Снизилось качество набора курсантов, так как крайне снизилось количество желающих поступать в него. Материально-техническое обеспечение учебного процесса, а также быта курсантов и денежного содержания офицеров было крайне низкое (автору с 1985 по 1999 годы довелось служить в Училище в этих условиях, пройдя путь от адъюнкта до начальника кафедры Навигационно-гидрографического и гидрометеорологического обеспечения). В результате сложившейся негативной ситуации резко возросло количество отчисляемых курсантов по неуспеваемости и дисциплине, а также «по собственному желанию», начиная с 4 курса. Дело доходило до того, что в отдельных классах факультетов выпускалось чуть ли не 20% от числа поступивших. Правда, необходимо отметить, что и число вакансий на флоте резко сократилось из-за начавшегося массового сокращения Вооруженных сил.
Санкт-Петербургский военно-морской институт – Морской корпус Петра Великого
(1998—2012)
Сложившаяся негативная экономическая ситуация в стране привела к переменам в подготовке офицерских кадров для флота, происходившим на фоне сокращения корабельного состава и перехода ряда училищ СССР под юрисдикцию отделившихся стран, бывших социалистических республик. Поэтому одновременно с переименованием училищ на новый лад в институты происходило объединение некоторых родственных институтов, замещение потерянных специальностей и ликвидация излишних.
1 ноября 1998 г. во исполнение постановления Правительства Российской Федерации о Высшем военно-морском училище им. М. В. Фрунзе и Высшем военно-морском училище подводного плавания им. Ленинского Комсомола был создан Санкт-Петербургский военно-морской институт (почему-то без всякого названия).
После объединения двух в прошлом славных училищ они тем не менее остались на своих исторических местах. Бывшее ВВМУ им. М. В. Фрунзе занимало первую площадку – военный городок №18, здесь же находилось командование Института. Бывший ВВМУПП им. Ленинского Комсомола занимало военный городок №64.
На двух площадках были сохранены шесть факультетов: два Штурманских (надводных кораблей и подводных лодок), Гидрографический, Противолодочного и трального вооружения (надводных кораблей), Ракетного вооружения подводных лодок и Противолодочного, торпедного и минного вооружения подводных лодок.
С августа 1999 г. начальником института был назначен надводник контр-адмирал Н. А. Скок (выпускник ВВМУ им. М. В. Фрунзе 1972 г.).
25 января 2001 года в связи с 300-летием военно-морского образования в России состоялось поистине историческое событие. Институту постановлением Правительства РФ было возвращено его историческое название: «Морской