6 июля 1944 года первая партия курсантов и преподавателей во главе с начальником Училища контр-адмиралом В. Ю. Рыбалтовским вернулись в Ленинград.
Летом 1944 г. часть курсантов-гидрографов возвратилась в Ленинград из Баку, а осенью в здание училища им. М. В. Фрунзе были переведены все курсы Гидрографического отдела, а также младшие курсы основного набора.
Осенью 1944 г. в Ленинграде Училище произвело свой очередной набор.
За время Войны 52 выпускника Училища были удостоены звания Героя Советского Союза.
Летом 1945 года Училище произвело первый послевоенный выпуск офицеров, включая гидрографов.
К осени 1945 г. в Училище было 3 основных курса по профилю «офицер корабельной службы» и 4 курса гидрографов. В декабре 1945 года Гидрографический отдел ВВМУ им. М. В. Фрунзе был преобразован в Гидрографический факультет. Начальником факультета был назначен Н. Н. Маркин, которого в 1950 г. сменил В. Д. Куликов.
В апреле 1947 года состоялся первый послевоенный выпуск.
3 июня 1947 г. начальником Училища был назначен контр-адмирал К. М. Кузнецов (выпускник ВМУ им. М. В. Фрунзе, весной 1951 г. он стал начальником Училища подводного плавания им. Ленинского Комсомола).
1 октября 1948 г. в Училище был открыт Инженерный минно-торпедный факультет со сроком обучения 5 лет 6 месяцев (начальник факультета капитан 1-го ранга А. Г. Свердлов). Командирами рот были назначены фронтовики: Г. Б. Коноплев, И. И. Осадчий, П. А. Михайловский и др. В 1951—1954 годах Училищем командовали контр-адмиралы А. Г. Ванифатьев и Г. А. Коновалов (позже назначен начальником Гидрографического училища).
В 1952 г. очередной раз было воссоздано Высшее военно-морское гидрографическое училище. Начальником училища был назначен А. В. Солодунов, а его заместителем по учебной работе – В. Д. Куликов (выпускники Училища 1927 г.). Училище разместили сначала в дворцовых ансамблях Гатчины, а затем города Пушкина. Старшие курсы Гидрографического факультета в 1952—1953 гг. завершили учебу в ВВМУ им. М. В. Фрунзе. Среди выпускников 1952 г. А. И. Баранов, С. Е. Василенок, Г. Б. Грановский, К. М. Коротаев, И. М. Мирошников, А. К. Юняев.
С февраля 1954 по декабрь 1959 года Училищем командовал вице-адмирал В. Л. Богденко (выпускник ВМУ им. М. В. Фрунзе 1926 г.). С декабря 1959 по февраль 1967 года Училище возглавлял вице-адмирал A. Г. Ванифатьев (выпускник ВМУ им. М. В. Фрунзе 1928 г.), а с 1967 по 1974 годы – вице-адмирал В. А. Хренов (выпускник Севастопольского ВМУ береговой обороны ВМС РККА 1935 г.).
С 1959 по 1971 годы в Училище существовал Факультет политсостава, на базе которого в 1967 году было создано Киевское высшее военно-морское политическое училище.
В 1960 году, после расформирования Балтийского ВВМУ, в Училище вернулась подготовка гидрографов, которая стала вестись на Штурманско-гидрографическом факультете (по 2 класса