3-й факультет – Среднего профессионального образования;
4-й факультет – Специальный;
5-й факультет – Профессиональной подготовки военнослужащих, увольняемых с военной службы.
Подготовку будущих офицеров флота проводят высококвалифицированные кадры педагогов на 15 кафедрах, расположенных в двух военных городках. Среди педагогов 187 ученых, из них 53 – доктора наук и профессора, 134 – кандидаты наук и доценты.
На факультет Штурманско-гидрографический и вооружения надводных кораблей в настоящее время принимают штурманов в два класса по 30 человек, гидрографов – в один класс на 15 человек и противолодочников и специалистов минно-трального оружия – в 2 класса по 30 человек. На факультет Вооружения подводных лодок набирают курсантов в 3 класса.
Курсанты закрепляют теоретические знания во время корабельных практик и флотских стажировок, которые проводятся регулярно. Часть курсантов принимает участие в выполнении задач боевой подготовки на боевых кораблях и в дальних плаваниях океанографических исследовательских судов Гидрографической службы ВМФ. Так, с декабря 2019 по апрель 2020 года выпускной класс гидрографов Штурманско-гидрографического факультета Института находился в антарктическом кругосветном плавании на океанографическом исследовательском судне «Адмирал Владимирский» с заходом в январе в Антарктиду в честь 200-летия ее открытия, совершенного под руководством выпускников «Гнезда Петрова» Ф. Ф. Беллинсгаузена (выпуск 1797 г.) и М. П. Лазарева (выпуск 1808 г.) на шлюпах «Мирный» и «Восток».
В Институте с послевоенных времен существует Диссертационный совет, в котором производятся защиты докторских и кандидатских диссертаций не только офицерами, включая адъюнктов Института, но и соискателями ученой степени из других военных и гражданских учебных и научных заведений России. В настоящее время Докторский диссертационный совет, состоящий из 23 членов (докторов наук, профессоров), возглавляет известный гидрограф, принявший от автора в 1999 году руководство кафедрой Навигационно-гидрографического и гидрометеорологического обеспечения, доктор военных наук, профессор Юрий Анатольевич Зубрицкий, выпускник Гидрографического факультета ВВМУ им. М. В. Фрунзе 1980 года.
В Институте функционирует Музей истории Морского Корпуса, созданный адмиралом И. Ф. Крузенштерном в бытность его директором Корпуса (1826—1842 гг.). Экспозиции музея повествуют об истории создания первого морского учебного заведения России, его выпускниках, содержат личные вещи гардемаринов конца XIX – начала XX в., фото и документы участников Гражданской и Отечественной войн, модели кораблей XVIII—XX вв. В состав экспозиции входят также знаменитая Картинная галерея и Голубая гостиная с картинами маринистов, среди которых подарки от профессора И. К. Айвазовского и от выпускника Морского корпуса 1841 года А. П. Боголюбова.
Автор все же лелеет надежду на то, что очевидная историческая