Перемены в Училище и увеличение количества курсантов сопровождались расширением его площади. Была возведена двухэтажная надстройка «от Обсерватории в середине фасада до Морской академии… надстройка, где находился вход в баню и бассейн до академии… Над компасным залом в середине коридора было построено круглое помещение со сплошной стенкой – фонарь для дневного света в Компасном зале»
В 1936 году был отремонтирован Столовый зал Морского корпуса, названный в послереволюционное время Залом Революции. Были заменены поддерживающие потолок одного из крупнейших залов Петербурга-Ленинграда цепи. По приказанию начальника училища Г. А. Буриченкова из Зала почему-то была убрана модель брига «Наварин», простоявшая там более 100 лет.
В 1936 году состоялся первый выпуск курсантов, получивших вновь введенное звание «лейтенант».
В 1937—1939 годах происходило создание военно-морских училищ в Баку, Севастополе и Владивостоке. В результате многие преподаватели и курсанты ВМУ им. М. В. Фрунзе убыли в данные училища.
В августе 1938 года было выпущено 40 младших лейтенантов гидрографов, не закончивших последнего года обучения: Олег Лукин-Лебедев, Сухоручкин, Валентин Емельянов и др., а в 1939 г. был выпущен еще 101 гидрограф.
Постановлением Совнаркома СССР №683 от 19 мая 1939 г. Военно-морское училище им. М. В. Фрунзе было отнесено к разряду высших учебных заведений 1-й категории, в результате чего в названии Училища добавилось слово «Высшее».
Высшее военно-морское училище имени М. В. Фрунзе (1939—1998)
В апреле 1939 г. стало известно о формировании снова отдельного Гидрографического училища. Приказами народного комиссара⠀ВМФ №0337 от 8 июля и №384 от 2 октября⠀1939 г. Гидрографический отдел ВВМУ им. М. В. был вновь преобразован в Высшее военно-морское гидрографическое училище. Таким образом из состава Училища был удален Гидрографический отдел.
В 1939 году Училище окончило 625 лейтенантов.
Авторитет Училища постоянно рос. Так, в 1940 году на 300 вакантных мест было подано 3 900 заявлений. В этом же году Училище окончило 404 лейтенанта.
В январе 1941 г. при начальнике Училища контр-адмирале Семене Спиридоновиче Рамишвили и Наркоме ВМФ Николае Герасимовиче Кузнецове (оба выпускники ВМУ им. М. В. Фрунзе 1926 г.) Училище отпраздновало свое 240-летие, подтвердив свою преемственность от созданной в Москве в 1701 году Навигацкой школы.
Начало Великой Отечественной войны 22 июня 1941 года совпало с периодом практики у курсантов.
25 июня 1941 года состоялся досрочный выпуск 198 офицеров.
31 октября 1941 года состоялся второй досрочный выпуск.
Курсанты 1 и 2 курсов в июле-августе 1941 года принимали участие в боях в составе 1-й Отдельной бригады