Uznanie, że abolicja indywidualna nie zatrzymuje toczącego się postępowania, a jedynie zapowiada niewykonanie orzeczonej prawomocnie kary, nie chroni jednak Prezydenta RP przed konsekwencjami zasadniczego wzmocnienia jego pozycji ustrojowej w stosunku do istniejących rozwiązań konstytucyjnych. W drodze wykładni ustawy zasadniczej Prezydent RP zyskuje prawo do uchylania możliwości zastosowania art. 99 ust. 3 Konstytucji. W myśl tego przepisu wybraną do Sejmu lub do Senatu nie może być osoba skazana prawomocnym wyrokiem na karę pozbawienia wolności za przestępstwo umyślne ścigane z oskarżenia publicznego. Zamykając drogę do prawomocnego wyroku przez zastosowanie abolicji indywidualnej przed jego wydaniem, Prezydent może znieść przesłanki stwierdzenia utraty prawa wybieralności albo wygaśnięcia sprawowanego już mandatu parlamentarnego (Wiszowaty 2017).
Nowa koncepcja prawa łaski oznacza także przyznanie Prezydentowi prawa do blokowania postępowań karnych w takim zakresie, w jakim uzna on to za celowe.
Stanowisko Sądu Najwyższego, a zarazem także zbieżna z poglądami wyrażonymi w uchwale siedmiu sędziów tego Sądu przedstawiona tu argumentacja, nie znalazły uznania Trybunału Konstytucyjnego, działającego na skutek wniosku Prokuratora Generalnego. Orzekając w przedmiocie tego wniosku, Trybunał uznał90 za niezgodne z art. 139 Konstytucji – stanowiącym, że Prezydent stosuje prawo łaski – przepisy ustawowe w zakresie, w jakim nie czynią aktu abolicji indywidualnej negatywną przesłanką prowadzenia postępowania karnego, postępowania w sprawach o wykroczenia albo postępowania karnego wykonawczego.
Według Trybunału Konstytucja nie precyzuje pojęcia prawa łaski, nie odpowiada na pytanie, czy obejmuje ono abolicję indywidualną, czy też nie. A zatem brak przepisu prawnego przyznającego taką właśnie kompetencję Prezydentowi RP nie wyklucza skorzystania z niej, mimo że – w myśl art. 7 Konstytucji – organy władzy publicznej działają na podstawie i w granicach prawa. Nie ma – jak widać – znaczenia wcześniejsze stanowisko Trybunału, w myśl którego kompetencji Prezydenta nie można domniemywać91. Skoro stosowanie prawa łaski należy do prerogatyw prezydenckich, to – według Trybunału – skorzystanie z tego prawa przez Prezydenta „nie wymaga […] uzasadnienia”. W orzecznictwie Trybunału Konstytucyjnego nie budzi wątpliwości, że prerogatywy Prezydenta mają charakter władczy i osobisty. Trzeba przyjąć, że Konstytucja zastrzegła, iż prawo łaski jest wykonywane przez Prezydenta samodzielnie bez konieczności działania (współdziałania) innego podmiotu reprezentującego czy to władzę wykonawczą, czy też sądowniczą. Prezydent RP jest „najwyższym przedstawicielem Rzeczypospolitej Polskiej” (art. 126 ust. 1 Konstytucji), a jego ustrojowa rola ma istotne znaczenie dla oceny charakteru prawnego i rangi korzystania z prawa łaski. Dlatego do czasu ingerencji ustrojodawcy nie jest możliwa ani modyfikacja tej kompetencji Prezydenta, ani wprowadzenie mechanizmu jej weryfikacji w akcie podkonstytucyjnym albo w orzecznictwie sądów i trybunałów. Arbitralność decyzji Prezydenta RP w tym zakresie mogłaby stanowić argument za ograniczeniem prerogatywy w przyszłej konstytucji, obecnie jednak ograniczenie stosowania prawa łaski do niektórych jego elementów prowadziłoby do naruszenia konstytucyjnych postanowień dotyczących prerogatywy Prezydenta, a więc naruszałoby konstytucyjną zasadę podziału i równowagi władz. Zatem skoro w prawie łaski mieści się abolicja indywidualna, to wszelkie ograniczenie w tym zakresie naruszałoby prerogatywę Prezydenta. Kwestia słuszności tak szeroko zakreślonej przez ustrojodawcę prerogatywy Prezydenta ma charakter akademicki, a krytyka przyjętego modelu jest w istocie formułowaniem przez niektórych przedstawicieli doktryny postulatów de lege ferenda92. Pogląd ten – stanowiący uzasadnienie orzeczenia Trybunału w myśl Konstytucji, mającego moc powszechnie obowiązującą – jest przykładem antykonstytucyjnej wykładni Konstytucji. Trybunał uznaje bowiem, że skoro stosowanie prawa łaski jest prerogatywą, to Prezydent, wykonując tę prerogatywę, podlega Konstytucji tylko w zakresie jej art. 139 i może stosować prawo łaski tak, jak chce, ponieważ obowiązująca Konstytucja RP nie ogranicza Prezydenta. Takie ograniczenie mogłoby dopiero zostać wprowadzone „w przyszłej konstytucji”. Tymczasem każdy, także Prezydent RP i Trybunał Konstytucyjny, jest związany postanowieniami obowiązującej Konstytucji, na podstawie której – bez czekania na „przyszłą” – można i należy stwierdzić, że Prezydent RP (w każdym zakresie, także w zakresie prerogatywy) nie jest despotycznym władcą, a stosowanie prerogatyw nie unieważnia złożonej przez niego przysięgi i nie sprawia, że najwyższy przedstawiciel państwa staje się absolutnym monarchą, działającym arbitralnie i dyskrecjonalnie. Prerogatywy prezydenckie nie tworzą antyustrojowej enklawy w demokratycznym państwie prawnym, które jest jednolite także w tym znaczeniu, że jego Konstytucja ma charakter integralny. Ocena ustrojowej koncepcji prerogatywy nie ma „charakteru akademickiego”, ale jest konsekwencją postanowień ustawy zasadniczej wyznaczającej granice władzy.
Dokonując niezgodnej z Konstytucją wykładni jej postanowień dotyczących prawa łaski, Trybunał wprowadził do systemu prawnego rozstrzygnięcie naruszające jego podstawy, skoro fundamentem tego państwa pozostaje – w myśl orzecznictwa konstytucyjnego – zakaz arbitralizmu w działaniu władzy publicznej, współistotny poszanowaniu godności jednostki93. Następcza legitymizacja działań Prezydenta RP, których charakteru Trybunał był świadomy – co potwierdza, wskazując w uzasadnieniu, że „niniejsza sprawa stanowi pokłosie podjętej w listopadzie 2015 r. przez Prezydenta RP decyzji o ułaskawieniu konkretnego oskarżonego przed uprawomocnieniem się wyroku”94 – powoduje, że w sporze o losy demokratycznego państwa prawnego Trybunał ten staje po stronie prymatu polityki nad prawem.
Orzeczenie Trybunału, wydane na skutek wniosku Prokuratora Generalnego, zmierza do uchylenia konsekwencji uchwały siedmiu sędziów Sądu Najwyższego, stwierdzającej, że zastosowanie prawa łaski przed datą prawomocności wyroku nie wywołuje skutków procesowych. O prymacie polityki nad prawem świadczy współdziałanie Prezydenta RP, Prokuratora Generalnego i Trybunału Konstytucyjnego, mające na celu pozbawienie znaczenia nieprawomocnego wyroku niewygodnego dla władzy wykonawczej, ale ważnego z punktu widzenia obrony obywateli przed ryzykiem ekscesywnego działania służb państwowych. Pogląd Trybunału, według którego „obawy o nadużywanie przez Prezydenta” stosowania abolicji indywidualnej „nie mogą stanowić argumentu za istotnym ograniczeniem jego prerogatywy”, jest arbitralny i oderwany od zasadniczej funkcji konstytucji, a więc ograniczenia ryzyka, jakie wiąże się z zaufaniem do władzy pozbawionej ograniczeń. Sens konstytucji polega właśnie na stworzeniu reguł ograniczania władz i rozsądnych zasad ograniczania tych ograniczeń.
Trybunał Konstytucyjny, orzekając, powinien brać pod uwagę skutki swoich orzeczeń. Jednym z tych skutków jest uznanie, wbrew stanowisku Sądu Najwyższego, że „w prawie łaski mieści się abolicja indywidualna, polegająca na zakazie wszczynania postępowania wobec określonej osoby albo na wstrzymaniu i umorzeniu postępowania już wszczętego”95. Orzekając w ten sposób, Trybunał nie przyczynia się do umocnienia demokratycznego państwa prawnego i bezpieczeństwa prawnego obywateli. Przeciwnie, sprowadza ryzyko obejmowania abolicją indywidualną przypadków naruszania prawa przez funkcjonariuszy państwa działających na polecenie, przekonanych, że można naruszać prawo, w tym Konstytucję, dla dobra obywateli i w obronie Konstytucji, jeżeli tego rodzaju działania mają aprobatę