Mimo że somatyczne teorie ówczesnej psychiatrii ani nie wyjaśniały genezy choroby psychicznej, ani nie były w stanie pomóc choremu, obowiązywały one we wszystkich środowiskach uniwersyteckich (Hirschmüller, 1991, s. 208–209). Sporadycznie zastanawiano się nad tym, czy choroby psychiczne mają podłoże somatyczne, czy psychiczne (Hahn, 1982, s. 253–257). Ponieważ w środowiskach akademickich dominowali somatycy i ich stanowisko bardziej odpowiadało duchowi ówczesnej nauki, koncepcja psychiczna nie zyskała uznania. Utarło się przekonanie, że geneza chorób psychicznych tkwi w niesprawności funkcji organicznych, czyli mózgu. W tym duchu kształcono nowych lekarzy i psychiatrów na przełomie XIX i XX wieku.
Gdyby ówczesna psychiatria była w stanie skutecznie leczyć choroby psychiczne, prawdopodobnie nie powstałaby ani psychoanaliza Freuda, ani psychologia analityczna Junga. Każda z nich była odpowiedzią na bezradność ówczesnej psychiatrii. Konieczność poszukiwania nowych dróg pojawiła się zarówno w przypadku Freuda, jak i Junga, gdy otwarli własne gabinety dla chorych psychicznie.
Kilkumiesięczny pobyt w Paryżu w 1885 roku u Jeana-Martina Charcota uświadomił Freudowi, że psychiatria francuska ma do zaoferowania coś nowego, czego nie zna ani Wiedeń, ani Berlin. Charcot nie szukał w mózgach swoich pacjentów urazów neurofizjologicznych, ale stosował hipnozę jako metodę leczenia oraz prowadził systematyczne obserwacje chorych, opisując ich symptomy. Ponadto Freud zetknął się w Paryżu z histerią jako chorobą psychiczną.
Po powrocie do Wiednia nie ukrywał swojej fascynacji francuskim spojrzeniem na psychopatologię, ściągając tym na siebie drwiny środowiska naukowego. Szybko doszło na tym polu do konfliktu z Meynertem – największym autorytetem w dziedzinie psychiatrii – ponieważ nie mógł on zrozumieć przejścia Freuda od fizjologii do hipnozy (Pajor, 2009, s. 80–85). Freud jednak nigdy nie zrezygnował z tego, co ukształtowało jego myślenie, a czemu później dał wyraz, tworząc biologiczny model aparatu psychicznego.
Zakończywszy karierę naukową i założywszy w 1886 roku prywatny gabinet neurologiczny, Freud dysponował jedynie wiedzą neurofizjologiczną, która była mało przydatna w terapii zaburzeń psychicznych. Pobyt w Paryżu uświadomił mu, że podejście psychologiczne jest skuteczniejsze i z tej racji próbował stosować hipnozę. Sam jednak przyznał, że nigdy dostatecznie jej nie opanował – „doświadczywszy, iż mimo wielu starań udało mi się tylko niewielu moich chorych wprawić w stan hipnotyczny, zdecydowałem się na zrezygnowanie z hipnozy […]” (Freud, 1973, s. 64, tłum. K.P. [wyd. pol. 2010]) – dlatego w roku 1896 ostatecznie przestał stosować hipnozę.
Odegrała ona jednak ważną rolę w twórczości Freuda, gdyż to z niej „rozwinęła się psychoanaliza” (Freud, 1989, s. 193 [wyd. pol. 2007]). Psychoanalitycy są według niego prawnymi spadkobiercami hipnotyzmu, któremu zawdzięczają nie tylko wiele teoretycznych wyjaśnień (Freud, 1982, s. 448), lecz także to, co w hipnotyzmie było najważniejsze – psychologiczne spojrzenie na chorego i akceptacja psychicznej natury zaburzeń nerwowych. Ta właśnie zmiana paradygmatu w psychopatologii stała się fundamentem dla psychoanalizy.
Dziesięć lat stosowania hipnozy w terapii nie przekreślało ani zainteresowania biologią, ani neurobiologicznych schematów myślenia, które ukształtowały twórcę psychoanalizy. To intelektualne uzależnienie znalazło wyraz w pracy Entwurf einer Psychologie (Projekt psychologii) z 1895 roku, w której Freud zaprezentował czysto biologiczny model ludzkiej psychiki. W kolejnych pracach model ten był modyfikowany, przybierając postać bardziej psychologiczną, a nawet metapsychologiczną. Jego biologiczne zręby na zawsze jednak pozostały w psychoanalizie i ostatecznie zadecydowały o jej kształcie.
Zdeterminowany biologistycznym myśleniem Freud zaprezentował w Entwurf einer Psychologie model psychiki skonstruowany na wzór układu elektrycznego, który tworzą źródło energii, odbiornik, przewody i sama energia (Pajor, 2009, s. 93–120). Podstawowym elementem stał się neuron, o którego funkcjonowaniu pod konie XIX wieku jeszcze niewiele wiedziano – nie znano jeszcze nawet synapsy i jej funkcji.
Freud wyróżnił neurony przepuszczające i nieprzepuszczające: pierwsze odbierają bodźce zewnętrzne przez zmysły, przekazując je neuronom nieprzepuszczającym, które mogą stawiać energii opór, ale mogą ją też przepuszczać, gdy nastąpi ich rozładowanie. Procesy zachodzące w obu rodzajach neuronów są natury ilościowej, posiadają potencjał energii i przebiegają poza świadomością.
Aparat psychiczny pobudzany jest przez energię, której dostarczają mu bodźce wewnętrzne – pochodzące od gruczołów – i zewnętrzne. Przed nadmiarem bodźców zewnętrznych aparat jest chroniony przez zmysły, ale nie ma żadnej ochrony przed pobudzeniami wewnętrznymi (Freud, 1987, s. 408), które stały się biologiczną podstawą Freudowskiej koncepcji popędów, a nawet całej psychoanalizy.
Oddziaływanie bodźców wewnętrznych powoduje obsadzenie neuronów energią i w ten sposób powstaje w aparacie „impuls, który podtrzymuje całą psychiczną aktywność” (Freud, 1987, s. 410). Nieprzerwany napływ impulsów oznacza dopływ energii, której odprowadzenie do mięśni skutkuje przeżyciem zadowolenia. Odprowadzanie energii w aparacie psychicznym zachodzi dzięki naturalnej właściwości neuronów dążących do uwolnienia się od niej. Zjawisko to, zdaniem Freuda, prowadzi do zachowania stałości napięcia w aparacie i zostało określone mianem zasady bezwładności układu nerwowego. Freud sądził, że odkrył podstawową zasadę funkcjonowania psychiki. Później zastąpił ją zasadą przyjemności.
Pojęcie energii, o którym tu mowa, musiało odpowiadać kryteriom naukowym. Ponieważ przedmiotem badań empirycznych mogły być tylko ilości, a nie – jak w tradycyjnej psychologii – jakości, energia przepływająca przez system neuronów musiała być natury ilościowej. Tę właśnie energię Freud nazwał później libido.
Szukając wyjaśnienia świadomych doznań, Freud wprowadził do swojego modelu trzeci rodzaj neuronów: „system neuronów spostrzeżeniowych”, które przetwarzają bodźce zmysłowe (ilości) na doznania świadome (jakości). W neuronach spostrzeżeniowych przepływają pewne minimalne ilości energii. Ich przepływ nie jest stały, lecz cykliczny, co „stanowi fundament świadomości”, którą Freud zdefiniował jako „subiektywną stronę części fizycznych procesów w układzie nerwowym […]” (Freud, 1987, s. 402, 404, tłum. K.P.). Świadome treści tworzą dwa rodzaje doznań: doznanie przyjemności (Lust) wywołane spadkiem napięcia energii oraz doznanie nieprzyjemność (Unlust) powstałe wskutek wzrostu energii w systemie neuronów.
Podobnie interpretował Freud ego, które miał tworzyć pewien kompleks neuronów o stałym obsadzeniu energią bodźców endogennych. Ego reguluje przepływ energii w neuronach, co sprowadza się do hamowania procesów pierwotnych (Freud, 1987, s. 416, 417, 459). Tej biologicznej funkcji ego odpowiadać będzie później mechanizm cenzury.
Jak widać, w Entwurf einer Psychologie Freud zaprezentował na wskroś biologiczny model ludzkiej psychiki, opierając się na wiedzy neurofizjologicznej, wówczas jeszcze bardzo niedojrzałej. Dla Freuda – wiernego biologicznej orientacji psychiatrii – psychika ludzka była w pierwszej linii aparatem biologicznym, jej funkcjonowanie określały prawa biochemiczne, a natura jej procesów była czysto biologiczna i ilościowa.
Cała konstrukcja przepełniona jest apriorycznymi