Jung zaczął się angażować w psychoanalizę, stając się jej protektorem w szwajcarskim środowisku akademickim. Za jego przyczyną powstał w Zurychu ośrodek badań procesów nieświadomych, na którego czele stanął mentor Junga, profesor Bleuler. Fakt ten dawał Freudowi nadzieję na to, że psychoanaliza, z której drwiły ośrodki akademickie, zyska tam akceptację. W jednej z publikacji z 1907 roku Jung ubolewał nad tym, że środowiska naukowe lekceważą, a nawet zwalczają poglądy Freuda, choć ich po prostu nie znają. Publiczna obrona psychoanalizy wywołała jednak konflikt ze środowiskiem akademickim. Jung, przekonany co do tego, że Freud zaproponował nową drogę w psychiatrii, gotów był zrezygnować nawet z kariery akademickiej – w roku 1909 odszedł z kliniki Bleulera, a w roku 1913 zrezygnował z zajęć uniwersyteckich. Prawdziwy powód obu odejść nie jest jednak dokładnie znany.
Zasadniczym powodem, dla którego Jung zainteresował się psychologią Freuda, był fatalny stan ówczesnej psychiatrii, która genezy chorób psychicznych dopatrywała się wyłącznie w organicznych zaburzeniach układu nerwowego – czego oczywiście nie można w niektórych przypadkach wykluczyć. Jednak uznanie przyczyn somatycznych za jedyne źródło zaburzeń niosło ze sobą kilka negatywnych konsekwencji. Otóż psychiatria oparta na takich założeniach nie była w stanie ani postawić właściwej diagnozy, ani pomóc choremu. Ponadto, nie rozumiejąc istoty choroby psychicznej, nie dostrzegano żadnego związku pomiędzy chorobą a halucynacjami, natrętnymi myślami, obsesyjnym zachowaniem – nie wspominając już o marzeniach sennych czy urazach psychicznych. We Wspomnieniach, snach, myślach Jung pisze: „Kiedy zostałem asystentem, owładnęło mną uczucie, że niczego nie rozumiem z tego, czym […] jest psychiatria […]. Uprawiałem zawód, na którym w ogóle się nie znałem” (Jung, 1999, s. 136).
Jeszcze inną konsekwencją ówczesnej psychiatrii było postrzeganie człowieka według mechanistycznych standardów tamtej epoki. Starano się wyjaśnić funkcjonowanie mechanizmów neurologicznych, nie interesowano się jednak samym człowiekiem. Freud zaś zwrócił uwagę na pacjenta, jego życie i problemy. Zdaniem Junga, to właśnie biografia chorego „ma moc rozstrzygającą […]; tylko ona daje punkt zaczepienia w terapii podejmowanej przez lekarza” (Jung, 1999, s. 135). Wspomniane wcześniej ogólne niezadowolenie Junga ze stanu wiedzy psychiatrycznej było aż nadto wystarczającym powodem do poszukiwania nowych rozwiązań i współpracy z Freudem.
Ich pierwsze spotkanie odbyło się 3 marca 1907 roku w Wiedniu i zrobiło na młodym Jungu duże wrażenie: „Freud był pierwszą naprawdę ważną osobą, z jaką się zetknąłem. […] nikt inny nie mógł się z nim równać. Uznałem, że jest nadzwyczaj inteligentny, przenikliwy, wybitny pod każdym względem” (Jung, 1999, s. 157–158). Wielogodzinna rozmowa utwierdziła Junga w przekonaniu, że dzięki psychoanalizie psychiatria, którą sam reprezentował, stanie na gruncie prawdziwej wiedzy psychologicznej.
Freud ze swej strony był zainteresowany kontaktem z Jungiem jako młodym uczonym, ponieważ jak dotąd środowiska akademickie ignorowały psychoanalizę, a jej twórcę traktowano jako persona non grata. Izolację tę Freud odczuwał bardzo boleśnie. Do jej przezwyciężenia potrzebował kogoś, kto reprezentuje naukę, a taką osobą był właśnie Jung. Z tych powodów kontakty między Jungiem a Freudem zacieśniały się, dochodziło do kolejnych spotkań i pogłębiania współpracy.
Zaangażowanie Junga w krzewienie psychoanalizy stało się faktem – wygłaszał na jej temat referaty, w 1907 roku założył Freudowskie Stowarzyszenie w Zurychu, wraz z Bleulerem pozyskał dla psychoanalizy szwajcarskie środowisko akademickie, w 1908 roku zorganizował psychoanalityczny kongres w Salzburgu, a dwa lata później (1910) przyczynił się do powstania Internationale Psychoanalytische Vereinigung (Międzynarodowy Związek Psychoanalityczny).
Współpraca Junga z Freudem rozpoczęła się w 1906 roku i trwała siedem lat. Lektura ich korespondencji pokazuje, że coś zakłócało ich relacje. Jung wspomina, że już jego „pierwsze wrażenie było mętne, częściowo niezrozumiałe” (Jung, 1999, s. 158). Bardzo wcześnie zaczęły się pojawiać rozbieżności poglądów. Wprawdzie Jung krzewił psychoanalizę, ale był też jej krytykiem, czego Freud nie znosił. W rok 1907 Jung pisał:
Sprawiedliwość wobec Freuda nie oznacza […] bezwarunkowego poddania się jakiemuś dogmatowi […]. Jeśli na przykład uznaję kompleksowe mechanizmy snu i histerii, to jeszcze nie znaczy to, że przyznaję młodzieńczej traumie seksualnej wyłączne znaczenie, jak to czyni zdecydowanie Freud (GW 3: Vorwort, s. 4, tłum. K.P.).
Jung był otwarty na psychoanalizę, ale chciał ją sprawiedliwie ocenić, co zakładało także jej krytyczną ocenę.
Z przytoczonej wypowiedzi Junga wynika, że jego ocena roli seksualności w życiu psychicznym od początku różniła się od stanowiska Freuda, dla którego seksualność stała się kluczem do wyjaśnienia niemal wszystkich problemów. Ona to jest odpowiedzialna za powstawanie histerii, wszelkich nerwic, neurotycznych lęków, a nawet za relacje między dzieckiem i jego rodzicami.
Otóż Freud zakładał istnienie w systemie nśw wypartych życzeń seksualnych, czegoś w rodzaju nieświadomych dążeń, impulsów mających swe źródło w popędzie seksualnym, do którego zredukował wszystkie inne popędy. Tym samym seksualność stała się jedynym źródłem energii aparatu psychicznego w ujęciu psychoanalizy. Do zaburzeń psychicznych dochodzi według niego, gdy realizację owych życzeń uniemożliwia instancja cenzury.
Z seksualnością połączył Freud teorię kompleksu Edypa, do powstania której przyczyniły się jego subiektywne odczucia. Analizując własne sny i przeżycia (prawdopodobnie w 1897 roku) Freud uznał, że jego stosunek do matki miał zabarwienie erotyczne i że odczuwał pewną wrogość wobec ojca. Wnioski połączył z niektórymi doświadczeniami klinicznymi. Obserwacje te zapoczątkowały ideę kompleksu Edypa jako uniwersalnego konfliktu psychicznego, który polega na erotycznej miłości do rodzica płci przeciwnej i na nienawiści w stosunku do rodzica tej samej płci, postrzeganego jako rywala. Już w Objaśnianiu marzeń sennych pisał o występującym w snach motywie zabójstwa ojca lub matki (Freud, 1996, s. 220 i nn.).
Według Freuda konflikt Edypa występuje we wczesnym dzieciństwie, przechodzi różne fazy rozwoju i odgrywa ważną rolę w całym życiu jednostki, decydując o zaburzeniach psychicznych23. W późniejszych pracach na temat roli seksualności i rozwoju osobowości dziecka Freud, rozwijając teorię kompleksu Edypa, robił z seksualności coraz bardziej uniwersalną i wyłączną teorię wyjaśniającą niemal wszystkie zjawiska psychiczne, kulturowe i religijne. Pod tym względem był nieustępliwy, nie tolerował żadnej krytyki, a od swoich uczniów wymagał absolutnego posłuszeństwa (Freud, Jung, 1974, s. 13). Zdawał sobie sprawę z tego, że zakwestionowanie roli seksualności, jaką jej przypisał, oznaczałoby zakwestionowanie całej psychoanalizy.
Jung nigdy nie kwestionował doniosłego znaczenia seksualności dla życia psychicznego jednostki jako podstawowego popędu (GW 17 [Dz 9]: Przedm. do wyd. 2 [s. 12]), ale nie podzielał poglądów Freuda w tym zakresie. Już w roku 1906 polemizował z nim, negując tezę, zgodnie z którą jedyną przyczyną wyparcia czy też nerwic miałaby być seksualność, nie kwestionując jednak jej znaczenia w genezie histerii (Freud, Jung, 1974, s. 3–4). Łączenie genezy każdej nerwicy z seksualnością