Tõsiseks probleemiks kujunes Saksa armeele tema mehhaniseerituse nõrk tase. Kui sõja algul oli Saksa armee sellel alal oma vastastest ees, siis 1944. aastaks oli olukord muutunud. Nii nagu 1941. aastal, oli Saksa sõjaväe liikumapanevaks jõuks endiselt hobujõud. Saksa armee liikumine oli jäänud sõltuvusse hobutranspordist, mootortranspordi osakaal polnud vajalikul määral kasvanud. Punaarmee oli lääneliitlaste abile tuginedes seevastu muutunud vägagi mobiilseks. Saksa väejuhatus püüdis vajakajäämisi kompenseerida suurema tähelepanu pööramisega logistikale, kuid siingi olid omad piirid. Järjest suurem puudujääk tekkis Saksa armeel ka muu varustuse, eriti kütuse alal.
Varustuse vähesus andis end eriti valusalt tunda värskelt moodustatud üksuste juures. Eriti raskelt puudutas see 1944. aasta üldmobilisatsiooni käigus formeeritud eesti üksusi, nagu näiteks piirikaitserügemente. Kui Relva-SSiga liidetud eestlased said endale korraliku varustuse, siis piirikaitserügementidele seda ei jagunud. Piirikaitserügemendid varustati peamiselt vananenud trofeerelvadega, mille kvaliteet jättis tugevalt soovida. Peaaegu täielikult puudus insenerivarustus, kehvad olid lood sidevahenditega. Korralikest raskerelvadest ei maksnud piirikaitserügementidel üldse unistada.
1. piirikaitserügemendi sõjakirjasaatja Hamilkar Mengel on selle varustust kirjeldanud järgmiselt: „Rügemendi varustus ja relvad jätsid väga palju soovida. Nii ei olnud sõdalastel õigeid riideid ega ka saapaid. Hobuvooril puudusid ohjad, rangid, sedelgad jm. Neist puudustest aitasid voorimehed endid ise üle nöörijuppide ja traatidega. Peamiseks rügemendi relvastuseks olid saagirelvad, mis olid aga väga halvasti hooldatud. Kuulipildujad olid prantsuse päritoluga ja vananenud tüübid, mis muutusid umbes 100 lasu tulistamise järel teatud ajaks kõlb matuks. Püstolkuulipildujad puudusid täielikult, rääkimata veel teistest moodsaist relvadest”. Vahel kasutasid eestlased sakslaste vastu aga rehepaplikke võtteid. Nii peitis leitnant Ots koos mõne teise sõduriga enne Kurtna laagris toimunud 2. piirikaitserügemendi ülevaatust armeekorpuse ülemjuhataja Anton Grasseri poolt ära oma jalanõud ning väitis Grasserile, et need olid kõlbmatuna tal jalas ära lagunenud. Vihastunud Grasser lasknud seepeale kogu rügemendile uue ja parema varustuse välja jagada.
Oleks ebaõiglane väita, et nii eesti kui ka läti üksuste varustamisega tekkinud probleemid poleks Saksa väejuhatust huvitanud. Nii armeegrupi „Narva” kui ka üksikute armeekorpuste lahingupäevikutes pööratakse sellele tähelepanu. Väegrupi „Nord” lahingupäeviku kohaselt jõudis küsimus välja ka väegrupi peakorterisse, kus toimunud arutelu lõpetuseks aga kurvalt tõdetakse: „…kuid kahjuks pole hetkel relvi ja varustust kuskilt võtta”. Veelgi hullem kui piirikaitserügementides oli olukord 1944. aasta suvel moodustatud Omakaitse lahingupataljonides. Kuna mehed saabusid teenistusse oma relvadega, tekkis relvastuse alal pataljonides suur segadus, mida Võru Omakaitse lahingupataljoni formeerimisega tegelenud Jaan Köbler on kirjeldanud järgmiselt: „Põhimõtteliselt tahtsime rühma meestele ühekaliibrilised relvad anda, kuigi see täielikult ei osutunud võimalikuks. Nii sai I rühm inglise püssid ja Lewis kuulipildujad, II rühm vene püssid ja kuulipildujad, III rühm vene ja hollandi püssid ja kuulipildujad Madsen, raskerühm saksa püssid ja kuulipildujad Maxim. […] Seega täielik relvade „paabel” nii nimedes kui ka kaliibrites. Tuli ette juhtumeid, kus mees väe võimuga sundis inglise püssi saksa padrunit ja vastupidi”. Raskerelvad puudusid lahingupataljonidel täielikult, välja olid jagatud vaid mõned tankirusikad. Väga puudulik oli ka muu varustus. Selliselt relvastatud üksusi poleks tegelikult üldse tohtinud rindele saata. Ometi võitlesid Omakaitse lahingupataljonid tihti eesliinil, kandes ka väga suuri kaotusi.
Selline ebaühtlus muutis Saksa armee võitlusvõime kõikuvaks ning raskendas juhtimist. Kuigi paberil võisid armeekorpuste komandeerivad kindralid jagada käsklusi diviisidele ja rügementidele, siis tegelikkuses jäi mõne viletsalt välja õpetatud ja varustatud rügemendi võitlusvõime alla mõne korralikult välja õpetatud ja varustatud pataljoni omale. Vahe ei jooksnud seejuures sugugi Wehrmacht’i ja Relva-SSi vahelt, kuigi tavaliselt olid Relva-SSi üksused tõepoolest silmapaistva võitlusvõime ja – moraaliga. Punaarmee õppis aja jooksul Saksa armee ebaühtlast taset osavalt ära kasutama. Rünnakuks valiti rindelõigud, kus asusid kaitsel nõrgema võitlusvõimega üksused. Tugevama võitlusvõimega üksustest üritati tiibadelt mööduda, nad sisse piirata ning seejärel purustada. Kui näiteks Saksa armee üks paremaid üksusi, 5. tankidiviis kindralleitnant Karl Deckeri juhtimisel oli 1944. aasta juuni lõpus Valgevenes Krupki juures andnud Punaarmee tankiüksustele hävitava löögi, an-dis Nõukogude väejuhatus oma üksustele korralduse vältida edaspidi lahingukontakti 5. tankidiviisiga ning püüda temast võimaluse korral mööda pääseda.
1944. aastal Eestis Saksa armee vastas seisnud Punaarmeed võib nii oma võitlusvõime kui relvastuse poolest pidada tunduvalt ühtlasemaks. Selles polnud palju eliitüksusi, kuid keskmine tase oli küllaltki kõrge. Lihtsam oli ka Punaarmee struktuuriline ülesehitus. Kõrgemaks struktuuriüksuseks Punaarmees olid rinded, millele allusid armeed. 1944. aastal võitlesid Eesti territooriumil Leningradi rindele ja 3. Balti rindele allunud üksused. Rinnete suurus oli erinev, kuid mõnigi neist võis olla suurem Saksa väegrupist. Leningradi rindele allus 1944. aasta talvel näiteks 417 600, 1. Ukraina rindele sama aasta kevadel aga 924 300 meest. Rinnetele allus tavaliselt kolm kuni viis armeed, mille koosseis võis kõikuda 50 000 ja 150 000 mehe vahel. Eesti lahingutes osalenud armeedest oli näiteks 2. löögiarmeele allunud üksustes enne Emajõe operatsiooni algust 135 000 meest.
Armeele omakorda allusid laskurkorpused ning otse armeele allutatud lisaüksused. Laskurkorpustele allus enamasti kolm, vahel ka kaks laskurdiviisi ning lisaüksused, kuid nende iseseisva tegutsemise võime oli Saksa armeekorpustest väiksem. Punaarmee laskurkorpuse meeste arv võis olenevalt alluvate diviiside arvust ning nende komplekteerituse tasemest kõikuda 10 000 ja 30 000 mehe vahel.
Punaarmees tegutses laskurkorpus üldjuhul armee koosseisus ja toetus oma tegevuses armee tagalale. Ka ei olnud Punaarmee laskurkorpusel sõjanõukogu, ta ei lahendanud mitte ülesannet, vaid täitis konkreetset käsku. Saksa armeekorpus seevastu oli struktuur, mis võis tegutseda iseseisvalt, mitte korraldusi täites, vaid eesmärke ellu viies. Erinevalt Punaarmeest olid Saksa korpustel olemas oma tagalaüksused, samuti korpuse ees seisvate spetsiifiliste ülesannete täitmiseks ette nähtud väe osad. Punaarmee laskurkorpus oli seevastu standardne komplekt, mis lisaks 2–3 diviisile koosnes korpuse staabist, selle sidest, pioneeriroodust ja korpuse suurtükiväest.
Nii nagu Saksa armees, oli ka Punaarmee põhiühik diviis. Oma suuruselt oli Punaarmee diviis Saksa omast väiksem. Täielikult komplekteerituna pidi sinna kuuluma 10 000 mehe ümber, kuid nagu Saksa väes, jäi ka Punaarmees meeste arv sellele tugevalt alla. Reaalsuses kõikus diviisi suurus seetõttu 3000 ja 7000 mehe vahel. Enne pealetungioperatsiooni suudeti tavaliselt rünnakule asuvate diviiside suurus viia 5000–6000-ni, kuid näiteks 8. Eesti Laskurkorpuse diviisides oli enne Emajõe operatsiooni algust ligi 10 000 meest.
Nii nagu Saksa diviis, koosnes ka Punaarmee diviis staabist, kolmest polgust (mis vastasid Saksa rügemendile) ning lisaüksustest. Ka Punaarmee polgu suurus kõikus 2500–3000 mehe vahel. Polk omakorda jagunes pataljonideks, mis oma suuruselt vastasid enam-vähem Saksa pataljonidele (tavaliselt 500–700 meest). Pataljonid jagunesid roodudeks, mida oli pataljonis, nagu Saksa armeeski, kolm või neli. Kuid teenindavate üksuste osakaal oli Punaarmee diviisi juures sakslastega võrreldes tunduvalt väiksem, mistõttu otseses sõjategevuses rakendatud mehi oli Punaarmee diviisides suhteliselt rohkem.
Diviisidele võisid alluda ka karistuspataljonid. Karistusüksusi tunti ka Saksa armees, kuid seal oli nende tähendus ning osakaal teistsugune. Nõukogude armees saadeti karistuspataljonidesse nii sõjaväelise distsipliini vastu