Ese decreto ley de amnistía era aplicable a los sentenciados por los delitos políticos en el complot de Copiapó. No así por los asesinatos de Vallenar, que habían sido calificados como delitos comunes ejecutados por agentes del Estado, a pesar de argumentarse que por tratarse de comunistas la motivación política era indiscutible. No lo determinó así el tribunal. Las autoridades políticas habían sido acusadas por los abogados defensores, en el consejo de guerra, como autores de los hechos que motivaban el juicio, pero esa acusación fue desechada.
El 20 de julio de 1932, la Junta de Gobierno presidida por Carlos Dávila dictó el DL 180: «Concédese amnistía al ex capitán de Carabineros don Francisco Bull Sanhueza, los ex brigadieres Carlos Morales Rivera y Rafael Huerta Vargas y ex agente de Investigaciones Luis Sepúlveda, que se encuentran procesados por el Primer Juzgado de Antofagasta, por los sucesos acaecidos en Vallenar durante los días 25 y 26 de diciembre de 1931»273. Hubo otros decretos de amnistía que beneficiaron a carabineros. Entre ellos, el DL 437 de amnistía que incluía a personal de carabineros en los beneficios del DL 23 de 14 de junio de 1932. Concedía amnistía al «personal de carabineros, que participó en el cumplimiento de órdenes de carácter político y por los delitos que hayan cometido al ejecutar tales órdenes, o que le sean conexos»274. La Corte Suprema había establecido meses antes:
Que la amnistía según la ley, es uno de los medios de extinguir la responsabilidad penal y además extingue por completo la pena y todos sus efectos (art.93 N.º 3 del Código Penal) y puede servir al reo como excepción de previo y especial pronunciamiento y dar motivo al tribunal para decretar el sobreseimiento definitivo (art.461 N.º 6º y 438 N.º 5º del de Procedimiento Penal) lo que hace ver que las leyes de amnistía son de derecho público, pues recaen sobre el penal que es la rama de tal derecho.
Que además estas leyes son políticas ya que prevén al buen gobierno y miran al interés general de la sociedad en un aspecto de tanta importancia como su armonía, la que la amnistía quiere conservar por medio del olvido de lo pasado275.
La Corte abundaría, diferenciando el perdón del olvido:
La amnistía vuelve hacia lo pasado y destruye hasta la primera huella del mal [...]. El perdón se concede al que ha sido positivamente culpable. La amnistía a los que han podido serlo. Aceptado el perdón no queda la menor duda que ha habido crimen. Concedida la amnistía no admite duda la inocencia. La amnistía no solamente purifica la acción, sino que la destruye. No para en esto. Destruye hasta la memoria y aun la misma sombra de la acción. Por eso debe concederse perdón en las acusaciones ordinarias y amnistía en las acusaciones políticas276.
La Corte no objetó el origen de estas amnistías, todas dictadas por gobiernos de facto.
Consistente con esta visión, una vez amnistiados, los oficiales de Carabineros responsables del asalto al regimiento de Copiapó y del asesinato, torturas y maltratos a los detenidos en los hechos acontecidos en Vallenar, serían reintegrados al servicio durante el mes de agosto de 1932. Villouta se reincorporó a Carabineros en Concepción. Huerta se reincorporó en Copiapó y Morales en Santiago. Bull no se reintegró al servicio y siguió viviendo de su pensión hasta su muerte.
Las versiones de las autoridades de Gobierno y de la prensa sobre lo ocurrido fueron desmentidas por la investigación judicial. En relación con el asalto al Regimiento Esmeralda se constató que la autoridad estaba en conocimiento del complot y que el comisario de Carabineros, capitán Guillermo Villouta, no solo había participado en su preparación, sino que, durante el desarrollo del asalto no había intervenido para impedirlo.
En Vallenar, quedó demostrado que las víctimas fueron ejecutadas por agentes del Estado y sus colaboradores, quienes habían presentado la situación como un supuesto enfrentamiento originado por la agresión de los comunistas a las fuerzas policiales en distintos puntos de la ciudad y fuera de ella. Sobre el número de los muertos en Vallenar nunca hubo acuerdo. Las primeras cifras oficiales mencionaron 20, pero había 22 cuerpos en la Morgue y 23 en la exhumación que fue ordenada por el fiscal José Santa Cruz durante el proceso. El Dr. Quijada contabilizaba 33 y, «ya en enero se hablaba de 42 muertos; la estimación de testigos es de 68 y los comunistas creen que 100»277.
Al amnistiarse el caso y terminar con toda la investigación judicial pendiente, no fue posible establecer el número efectivo de las víctimas. Por otra parte, a pesar de que quedaron establecidas las responsabilidades políticas, intelectuales y penales de las autoridades civiles y de las guardias cívicas en los hechos sucedidos, ninguno de ellos fue procesado y las guardias cívicas continuaron actuando con el apoyo de las autoridades278. Algunas de las víctimas militares obtendrían, casi tres años después, una tramitación individual de su rehabilitación y la pensión correspondiente279.
Al cabo de un año, algunas organizaciones se disponían a conmemorar a las víctimas de Copiapó y Vallenar. Pero las autoridades decidieron vigilar a todos los que tuviesen alguna razón para conmemorar, así como a las organizaciones sociales y políticas en general. La vigilancia fue amplia y alcanzó a algunos de los que habían sido condenados y luego amnistiados, como fue el caso del practicante Meneses, quien se había reincorporado a los servicios de salud, precisamente después de haber sido amnistiado y a quien en los oficios confidenciales se sindicaba de comunista280. Las autoridades indicaban que «el grupo comunista de Copiapó» se reunía «con fines que se ignoran» en los días previos a la conmemoración, lo que los llevaría a tomar distintas medidas para controlar «cualquier intento de subversión del orden público». Entre ellas, el prefecto de Carabineros de la zona informó a la Dirección General de Carabineros y al intendente que:
en previsión de cualquier manifestación de rebeldía, he nombrado comisiones de personal vestido de civil, sin perjuicio de las instrucciones impartidas al personal de Investigaciones, como también el día de Pascua haré acuartelar al personal de las Comisarías de Vallenar y Copiapó, con el fin de evitar cualquier atentado en contra del orden.281
El doctor Osvaldo Quijada publicaría su libro La Pascua trágica de Copiapó y Vallenar, precisamente al cumplirse un año de los hechos. El autor lo dedicó a los que «murieron por tener ideales de justicia y redención de la clase trabajadora» entre otras menciones. La venta de la publicación fue en beneficio de las viudas y huérfanos de los muertos en Copiapó y Vallenar.
Los sucesos de Vallenar serían relatados en la revista institucional de Carabineros de Chile282. El artículo reconstruía la primera versión entregada por los carabineros en el juicio, la que fue desmentida por el informe del fiscal José Santa Cruz, al demostrar que fue fraguada para justificar lo ocurrido ante las autoridades y el tribunal. El artículo explicaría los hechos en función de una conspiración comunista organizada simultáneamente en Copiapó y Vallenar, proporcionando detalles acerca del asalto que se efectuaría a la comisaría de Vallenar después de haber hecho estallar tres bombas en lugares estratégicos del centro de la ciudad283. Los detalles del plan incluían el descarrilamiento del tren y el asesinato selectivo de autoridades y sectores influyentes:
Además estaba confeccionada la lista de las personas que serían asesinadas la misma noche del levantamiento entre las cuales figuraban las autoridades, el personal de Carabineros, los comerciantes, los agricultores de la vecindad, los cajeros del Banco de Chile y de la Caja de Ahorros y todas las personas respetables de alguna figuración social en el pueblo284.