Jorge Neut Latour alegó por todos los inculpados menos Meneses y Villouta. En la 11ª audiencia, analizando el primer fundamento de la acusación fiscal que es «haberse descubierto un delito tendiente a cambiar el Gobierno» hace presente que solo tienen valor las declaraciones prestadas ante el H. tribunal, las otras solo tienen valor de confesiones extrajudiciales246. Fue examinando cada una de las declaraciones de sus defendidos, acusados por el asalto al Regimiento Esmeralda. La mayoría de ellas eran poco sustentables. A modo de ejemplo, uno de ellos, Gavino Peña Araya, había declarado haber recibido «una plata para formar el ejército rojo» y que él le habría contestado a sus instigadores que se resistía a organizarlo «pues tenía la misma estructura de un ejército burgués». Había huido antes del asalto. El abogado fue desvirtuando una a una las pruebas surgidas de las declaraciones extrajudiciales (obtenidas en los interrogatorios de los detenidos), argumentando que no se habían producido otras pruebas contra de sus defendidos que las derivadas de sus propias confesiones previas al juicio, lo que desvirtuaba la acusación contra cada uno de ellos.
El consejo de guerra condenó al acusado Guillermo Villouta, «por no haber denunciado oportunamente un complot sedicioso del que tenía conocimiento; y por no haber impedido la realización del acto sedicioso que se proyectaba y como autor del delito sancionado en el artículo 121 del Código Penal, a las penas de 10 años y un día de extrañamiento mayor en su grado medio, que se le contará desde el 31 de diciembre último, inhabilitación absoluta y perpetua para cargos y oficios públicos y derechos políticos; [...] y a las accesorias de destitución de su empleo de los Carabineros de Chile… e inhabilitación absoluta para profesiones titulares mientras dure la condena»247. El capitán Villouta había sido separado del servicio antes de la condena.
Los otros acusados fueron absueltos, entre ellos el doctor Osvaldo Quijada. Seis civiles que estaban involucrados fueron condenados a las penas de 10 años y un día de reclusión mayor en su grado medio. El practicante y sargento 2º Pedro Meneses y Tránsito Quevedo Contreras, de los Carabineros de Copiapó, fueron condenados a quince años de reclusión y a su expulsión de Carabineros.
El tribunal declaró que, «después del estudio de los antecedentes producidos en el Honorable Consejo de Guerra esta Fiscalía pasa a formular las conclusiones que estima procedentes sobre los hechos que a su juicio han resultado probados. Pide castigo o absolución con respecto a los reos que deben ser absueltos o condenados, indicando los delitos, que a su juicio están comprobados o indicando las penas correspondientes»248. El fallo se refería extensamente al asalto al cuartel Esmeralda y vinculaba las muertes de Vallenar a la misma operación política. Afirmaba que había quedado establecida la participación de los reos que se mencionaban en el texto en relación con el delito de «alzarse a mano armada contra el Gobierno legalmente constituido, con el propósito de cambiar su forma, contravención que sanciona el art. 121 del Código Penal con reclusión mayor, o con confinamiento mayor, o con extrañamiento mayor en cualquiera de sus grados, sanción que debe aumentarse en uno o dos grados, según lo dispuesto en el art. 261 del Código de Justicia Militar y en el art. 1º de la ley 4.935»249.
El proceso judicial intentó esclarecer cómo y para qué se sumaron el capitán de Carabineros Guillermo Villouta, el doctor Osvaldo Quijada, el soldado Tránsito Quevedo y otros, así como algunos miembros de la Federación Obrera de Chile (FOCH) y del Partido Comunista al asalto al Regimiento Esmeralda. Quedaría claro que el complot había sido encabezado localmente por el practicante Pedro Meneses Varas, vinculado a una eventual conspiración gestada por el alessandrismo con el fin de derrocar al Gobierno250.
Los condenados apelaron designando sus abogados. Jorge Neut Latour fue designado defensor por Tránsito Quevedo. El abogado Pedro León Ugalde defendió al practicante Meneses. La prensa reprodujo algunos de sus argumentos en la defensa, señalando que pasó «revista a las persecuciones de que han sido víctimas muchas veces por medio de procesos, violencias y muertes, los defensores de la libertad y de las aspiraciones populares frecuentemente bajo el pretexto de que se trata de comunistas»251.
La apelación fue vista por la Corte Marcial integrada por los magistrados señores Antolín Anguita, Marcos Aguirre, M. Anabalón, Víctor Tirado y Marcial Urrutia. Las sesiones de la Corte empezaron el 11 de febrero de 1932. Guillermo Villouta fue defendido por el abogado José Otero Bañados. El abogado Daniel Schweitzer defendió al soldado Quevedo, a Juan Guerra y a José Luis Peña, que estaban condenados a 10 años cada uno. Pedro León Ugalde tomó la defensa de Meneses y de otros acusados junto con el abogado Jorge Neut Latour. La revista Hoy señalaba que la defensa de Neut Latour era requisitoria de las autoridades de Copiapó y Vallenar, ya que según el abogado «[...] las autoridades sabían de la intentona y presionaron al diario local El Amigo del País para que no publicara el 24 de diciembre el plan de ataque. Si el plan se hubiera publicado ‘ello los habría disuadido’»252. Al término de su alegato, el abogado pidió que se declarase el desafuero del intendente de Atacama y que fuera procesado como principal instigador y culpable de la tragedia de Navidad253.
Fueron condenados varios civiles. Jorge Neut Latour y Daniel Schweitzer pidieron absolución para tres de ellos, argumentando que no se les podía aplicar las disposiciones de seguridad interior del Estado del Código Penal por ser material e intelectualmente incapaces. El abogado Pedro León Ugalde afirmó que la responsabilidad recaía en las autoridades como autores «de estas provocaciones para afirmarse en el poder, montando máquinas que para hacerlas más temibles arropan de comunismo y alarman a la opinión pública con la ayuda de cierta prensa que se larga en odiosa persecución contra sus opositores [...]. Sería una negación de todo derecho y un reto a las clases trabajadoras si se le dejara impune [al intendente Igualt]. [...]Vosotros sois –dijo a los jueces– la última barrera y de vuestra actitud depende que no nos veamos envueltos en una lucha fratricida»254.
Los abogados defensores demostraron en el proceso que las autoridades habían participado en los sucesos, lo que al parecer tuvo alguna influencia en las decisiones de los jueces, quienes redujeron las sentencias aplicadas por el consejo de guerra de modo considerable. El fallo de la Corte Marcial fue emitido el 6 de mayo de 1932. El soldado Quevedo fue condenado finalmente a 541 días de prisión, el practicante Meneses a tres años y un día de reclusión menor y a la expulsión de Carabineros, y el capitán Villouta a la separación de Carabineros255. Esa etapa del proceso judicial terminó con la libertad inmediata de todos los que fueron absueltos por el tribunal.
Guillermo Villouta se dirigió a la Corte Marcial anunciando y formalizando un recurso de casación en la forma y en el fondo con fecha 11 de mayo de 1932, argumentando en favor de su conducta «que todas sus actuaciones se derivaron del legítimo ejercicio de mi cargo de Comisario de Copiapó» y señalando la incompetencia del consejo de guerra de Copiapó para conocer de los hechos256. En la misma fecha Pedro Segundo Meneses hizo el mismo trámite, argumentando extensamente que no se había probado «el concierto de Meneses con los asaltantes»257. Lo mismo hizo Tránsito Quevedo Contreras258. La Corte Marcial consideró que se cumplían todos los requisitos y procedió a dar curso a la tramitación.
Poco después de su condena el capitán Villouta le escribió al intendente Víctor Manuel Igualt, agradeciéndole la defensa que hizo en todo momento de su actuación. Le confesó en uno de los párrafos finales de la carta que su objetivo había sido precisamente que el ataque al regimiento se produjera para controlar definitivamente la situación: «[...] no es posible vivir eternamente con el arma al brazo, sacrificando a la tropa y teniendo siempre encima un enemigo invisible pero cierto»259. En esta carta justificaba su actuación interpretando, tal vez, los propósitos del intendente a quien dirigía su carta.
Los sentenciados permanecían en prisión desde el inicio de la investigación. Ese tiempo les fue contabilizado expresamente para los efectos de su condena por el fallo de la