En relación con los sucesos de Vallenar, la investigación del fiscal José Santa Cruz Errázuriz identificó como principal responsable al capitán Francisco Bull, comisario de Vallenar, quien fue detenido el 5 de enero de 1932 por orden del fiscal, como se dejara constancia en el criptograma N.º 5 de la Prefectura de Carabineros de Atacama de la misma fecha261. El fiscal dejó constancia que los resultados de la investigación inicial se apegaban a la información entregada por las autoridades locales que se confirmaba con la declaración de los carabineros. Pero, «al reconstituir la última escena el Fiscal sorprendió una equivocación entre dos carabineros»262.
Santa Cruz había ordenado la exhumación de los cuerpos para identificar cabalmente a los fallecidos, ya que el capitán Bull le indicó «que habían muerto 21 comunistas que estaban enterrados en una sola fosa. Al desenterrar los cadáveres se encontraron 22, uno más de los que tenían apuntados»263. Esta contradicción llevó al fiscal a repetir la investigación, descubriendo las mentiras en las que se habían concertado. Por esta razón, en la primera parte del proceso se consignan las declaraciones que apuntaban a responsabilizar a los comunistas de lo sucedido y en la segunda se establece que el capitán Bull ordenó el asesinato; que el brigadier Huerta recogió en el camino de Vallenar a Copiapó siete trabajadores por sospechosos; que luego murieron masacrados junto con los demás; que el dentista Carmona quería que el brigadier Huerta fusilara en el mismo camino y antes de llevarlos al cuartel a esos siete detenidos, pues debían ser comunistas y por lo tanto no merecían consideraciones; que el sargento Borgoño fue a comprar sangre al matadero para ir a echarla en el terreno donde, según las declaraciones, se había verificado una batalla campal entre comunistas y carabineros; que esta sangre la fue a buscar por orden del capitán Bull264.
El informe del sumario del fiscal Santa Cruz afirmaba que los comunistas habían sido asesinados y que los habían hecho aparecer como muertos en un enfrentamiento. La investigación del fiscal tuvo a la vista los documentos enviados por el capitán comisario al juzgado militar de Antofagasta, en el que daba cuenta de «hechos criminosos cometidos por comunistas» del 27 de diciembre de 1931, en el que informaba de cómo se habían producido los sucesos que resultaron en la muerte de los comunistas de Vallenar, justificando las actuaciones del personal bajo su mando.
En el sumario se pudo demostrar que los carabineros y la guardia cívica habían cometido los asesinatos ocurridos en Vallenar. Se pudo establecer, además, que el personal de Carabineros y la guardia cívica se habían concertado para declarar ante el tribunal que los comunistas se habían armado para atacarlos y que al defenderse les habían dado muerte. Se dejó constancia que «la mayor parte de los prontuarios de estos individuos no arrojan malos antecedentes. Todos los cadáveres fueron llevados a la morgue, y de ahí al cementerio, sin practicárseles autopsia ni identificación y sin permitirse que fuesen visitados por sus deudos»265.
El fiscal solicitó condenar al capitán Francisco Bull, excomisario de Vallenar, a cinco años y un día de prisión por cada asesinado y a los brigadieres Huerta y Morales a tres años y un día por cada uno. El consejo de guerra de Copiapó determinó que sobre los civiles muertos en Vallenar se instruyera un proceso por separado, individualizando a 17 civiles muertos y 4 carabineros266.
El 17 de febrero, el intendente de Atacama se dirigió al Ministerio del Interior, haciendo referencia al oficio N.º 283 de 15 de febrero, enviado por el gobernador Aníbal Las Casas «sobre actividades que gastan en Vallenar los elementos extremistas disociadores», diciendo que los mencionados por el gobernador eran los que habían sido absueltos por los jueces que «se burlan de la impunidad que se les concedió y con mayores bríos vuelven a sus andadas». Decía el intendente que había dado orden al gobernador que los vigilara y que con orden judicial procediera a «allanarles y apresarles» si constataba sus actividades. Añadía que «seguramente estos desalmados son alentados por elementos más cultos cobijados bajo ropajes o fueros e impulsan al mal, a la anarquía». Terminaba su carta comentando:
Estima el infrascrito, en vista de los informes de carabineros y particulares que hay un poco de nerviosidad de parte del gobernador de Huasco para apreciar la situación o actividades de los elementos extremistas, pero sí, es efectivo que esos elementos hacen campaña en Vallenar de doctrinas demoledoras y así es fácil suponer que en determinada situación lleguen a extremos dolorosos que hay que prevenir267.
El 7 de marzo de 1932, el intendente de Atacama Víctor Igualt se dirigió al ministro del Interior Marcial Mora, correligionario suyo, haciendo referencia a la consulta que había hecho para efectuar una publicación en los diarios con el fin de aclarar su posición ante los hechos en el proceso judicial debido a los ataques recibidos por parte de los abogados defensores de los inculpados. Le diría que,
los ataques de las defensas comunistas, los considero sin importancia por el solo hecho de haber obrado a conciencia de mis deberes y porque creo contar con la confianza del Gobierno en el desempeño de mi puesto.
[...] El Intendente de Atacama por educación y por ideología política, no es ni puede ser enemigo del pueblo como lo dicen los abogados defensores [...] si es enemigo del desorden, del asesinato, del incendio y del saqueo, cosas todas que pretendieron efectuar esos asaltantes [...] no hay pues justicia ni honradez de parte de los abogados defensores, para tratar de la forma que lo hacen, al Intendente de Atacama que supo cumplir con sus deberes de defensa social.
El presidente de la Corte Marcial, señor Anguita, regresó a Santiago, entiendo que ya podrá dar finiquito a ese proceso cuyo final será «una ensalada» como el de la marinería268.
El intendente seguiría en su puesto pues como lo decía en su carta, contaba con la confianza del Gobierno. En marzo de 1932 el general director de Carabineros le comunicó al Ministerio del Interior que los comunistas de Vallenar difundían que los oficiales de Carabineros involucrados en los acontecimientos habían sido separados del servicio por el Gobierno y «les prometen que sus dirigentes conseguirán una indemnización para las familias de los muertos en los sucesos del 25.XII.931»269.
Las autoridades no hicieron referencia ni identificaron a los carabineros que perdieron la vida a raíz de estos sucesos. Carabineros de Chile reconocería como uno de sus mártires institucionales a Celso Cáceres Gallardo, vice sargento 1º de la 3ª Comisaría de Vallenar, dependiente de la Prefectura N.º 3 Atacama, fallecido el 25 de diciembre de 1931 y mencionaría que el cabo 2º Humberto Díaz Ramos habría muerto también en el lugar, raíz de un enfrentamiento en la calle Maule esquina de Serrano, cuando se enfrentaron con «elementos antisociales» que habían quebrantado el orden público y se habían alzado contra el poder constituido270.
Los asuntos derivados de los asesinados en Vallenar continuaron en manos del fiscal de Carabineros, Osvaldo Fuenzalida Correa. El sastre de Vallenar, Zacarías Rojas, quien representaba a las viudas de los asesinados, solicitó la exhumación de los cuerpos a dicho fiscal, quien no dio lugar a esta petición basándose en que la solicitud no llevaba firma de abogado, aunque la ley no lo exigía. La petición le fue denegada271. El proceso seguiría en el Primer Juzgado de Antofagasta, tipificado como delito común efectuado por agentes del Estado. El proceso continuaba abierto cuando fueron amnistiados todos los involucrados a mediados de 1932 durante los gobiernos encabezados por Carlos Dávila. Las amnistías respondieron a la necesidad de cerrar los casos, bloqueando la investigación hacia los autores intelectuales y los responsables políticos.
Las instancias judiciales militares habían hecho verdad y justicia, tomando en cuenta que la investigación de la Fiscalía echó abajo la justificación de los asesinatos de Vallenar y que fue el consejo de guerra el que aplicó las altas penas iniciales a los autores materiales, separando claramente los hechos de Copiapó de los asesinatos de Vallenar.
El país continuaba en un estado de gran inestabilidad política y acuciantes problemas económicos. Había movilizaciones sociales, presiones de distintos