Правда, в первые 20 лет существования академии в полной мере реализовывать заложенные идеи не удавалось – мешала косность старого генералитета, который в молодых образованных офицерах видел угрозу для своего существования. Дошло до того, что «академики» всячески притеснялись по службе, очень медленно продвигались по служебной лестнице. Но неудачная для России Крымская война поставила все на свое место. Выпускник академии Дмитрий Милютин начал реформу русской армии, в том числе и с ломки прежней кадровой системы. В годы Русско-турецкой войны 1877–1878 годов «академики» командовали дивизиями и корпусами, руководили штабами объединений и соединений. С тех пор Николаевская академия Генерального штаба стала самым престижным военно-учебным заведением в системе подготовки командно-штабных кадров высшего звена управления для российской армии.
В то время академия размещалась в Санкт-Петербурге в специально построенном для нее двухэтажном здании в форме буквы «П», расположенном на Суворовском проспекте. Рядом находились сквер с памятником выпускникам академии, павшим в боях во время Крымской, Русско-турецкой и Русско-японской войн, а на соседнем переулке – Суворовский музей и церковь, перенесенная сюда из села Кончанского.
На устройство офицерам было предоставлено несколько дней. Для Шапошникова бытовые хлопоты начались с поиска жилья. Подходящая комната нашлась неподалеку, на Суворовском проспекте, в доме, расположенном между 5-й и 6-й Рожественскими улицами. Поселился там Борис Михайлович вместе с младшим братом Евгением – студентом Политехнического института. Платили за комнату с обедом 40 рублей в месяц, притом что квартирных офицеру полагалось 25 рублей. Приходилось доплачивать из 74-рублевого жалованья поручика и жить очень экономно.
Затем начались занятия в академии, которые строились следующим порядком: Трижды в неделю с 8 часов утра начинались уроки верховой езды. Лекции читались с 9 до 12 часов, затем делался 30-минутный перерыв на завтрак, и снова лекции до 4 часов дня.
В течение первого года учебы в академии слушатели изучали тактику пехоты, конницы, артиллерии, полевую фортификацию, устройство вооруженных сил вообще и армий важнейших европейских государств в частности, а также и США, историю военного искусства с древнейших времен и до войн Наполеона включительно, историю военного искусства России, общую историю XIX века и русскую историю, геодезию и т. д. Изучение иностранных языков проводилось по вечерам для желающих. Зато верховая езда как на вступительных экзаменах, так и в процессе обучения