Войдя в зал и выслушав доклад начальника академии, Николай II стал обходить строй, с каждым здороваясь за руку и спрашивая, с какого он полка поступал в академию. Иногда, услышав знакомое название части, император спрашивал место ее дислокации и фамилию командира. При этом все хорошо понимали, что это обычный ничего не значащий церемониал, и поэтому старались давать максимально краткие ответы.
Когда обход причисленных к Генерального штабу был завершен, императора подвели к остальным. При этом начальник академии пояснил, что эти офицеры по итогам своей учебы не попали в списки генштабистов и должны будут вернуться в строй. Но император, видимо, не понял его или прослушал данное объяснение. Увидев стоящего во второй группе своего знакомого лейб-гвардии поручика Кульнева, он подошел к нему, о чем-то поговорил и вдруг поздравил всех непричисленных с зачислением в Генеральный штаб!!! Потребовались дополнительные разъяснения со стороны начальника академии для того, что сгладить данный инцидент и все поставить на свои места.
Что же дала Шапошникову академия? Его собственная оценка этого периода жизни кажется исчерпывающей. Он писал: «Нет сомнения, что она (академия. – Авт.) расширила теоретический кругозор, напитала знаниями, которые нужно было как следует еще переварить, а самое главное, найти применение им в жизни. …Академия привила мне любовь к военной истории, научила извлекать из нее выводы на будущее. К истории я вообще всегда тяготел – она была ярким светильником на моем пути. Необходимо было и дальше продолжать изучать этот кладезь мудрости.
Что же касается практической подготовки к службе в Генеральном штабе, то здесь мы получили не очень много. Групповые упражнения развивали тактическое мышление, но такого рода занятий, как военная игра, у нас и в помине не было. Между тем с этим мы столкнулись с первых же шагов своей работы и в войсках и в штабах. Метода проведения военных игр, метода свободного творчества в них академия не раскрыла своим адептам. Короче говоря, мы были выпущены в жизнь больше теоретиками, чем практиками. От нас самих уже зависело сделаться практиками. Но академия приучила нас к напряженной работе и к выполнению работы в указанный срок».
Таким образом, офицер Б. М. Шапошников, продолжая совершенствовать свою профессиональную подготовку, успешно окончил Николаевскую военную академию (переименована в 1909 году). В результате этого он приобрел не только дополнительные знания в области военного дела, но и сделал очередной существенный шаг по карьерной лестнице, что было и остается крайне важным для любого офицера.
По существовавшему положению выпускникам дополнительного класса академии, даже причисленным к Генеральному штабу, но ранее не командовавшим ротой, предстояло последующие два года отработать в этой должности (цензовое командование). Штабс-капитан Б. М. Шапошников выразил желание откомандовать ротой