Как лучший по успеваемости, Борис Шапошников имел право выбора места будущей службы. В то время было принято при выпуске в вестибюле училища вывешивать два списка: первый – по результатам экзаменов, второй – вакансий. Имевшиеся вакансии выпускники выбирали в порядке очереди, которая устанавливалась в зависимости от среднего выпускного балла, который у Шапошникова был очень высоким. Но, к удивлению многих, Борис выбрал службу в Туркестанском военном округе (Средняя Азия), в 1-м Туркестанском батальоне.
Свой первый офицерский отпуск подпоручик Б. М. Шапошников провел в Белебее, в доме родителей. Затем он поехал к месту службы. Путь до Ташкента через Самару, Ростов-на-Дону, Баку, через Каспийское море, Красноводск, Ашхабад, Мерв занял девять дней. 19 октября Борис Михайлович прибыл к месту своего назначения.
1-й стрелковый Туркестанский батальон, для прохождения службы в который был направлен подпоручик Б. М. Шапошников, хотя и представлял собой сравнительно молодую часть в армии Российской империи, однако имел солидную боевую историю. Он был сформирован в 1865 году в Оренбурге, но затем направлен к Ташкенту в район, где тогда велись боевые действия. Батальон участвовал почти во всех походах и боях в Средней Азии, в войнах с Бухарой, Кокандским ханством. Под командованием известного впоследствии генерала М. Д. Скобелева его подразделения преследовали остатки кокандских войск до предгорий Памира.
Боевые традиции поддерживались и в последующие годы. Батальон, как и другие части приграничного Туркестанского военного округа, содержался по усиленному штату. Большое внимание уделялось боевой подготовке подразделений, особенно стрельбе. Традицией стрелковых частей Туркестана были быстрые и длительные марши, в том числе в горных условиях.
Подпоручик Шапошников был назначен командиром полуроты в 3-ю роту батальона. В подразделениях батальона служили исключительно православные, так как местное население воинской повинности не несло. 50 % личного состава составляли русские и украинцы, остальная часть выпадала на поляков, евреев, грузин и армян. Солдаты служили по три года, призывались в возрасте 21 года, были молодые, крепкие и выносливые. Летом носили белую рубаху и малиновые брюки из бараньей кожи, которые должны были спасать от колючих растений.
Из двадцати офицеров 1-го стрелкового Туркестанского батальона только шестеро относились к числу молодых, остальные и по возрасту были значительно старше, и выслугу лет имели от десяти до двадцати лет, причем служили преимущественно в том же батальоне. Как позже вспоминал Борис Михайлович, по этой причине он и другие молодые офицеры «ходили в батальоне, как говорится, на цыпочках и, хотя по закону на офицерских собраниях имели право голоса, никогда его не подавали, слушая, что говорят старшие».
По