Подпоручик Шапошников стал добиваться, чтобы его солдаты не механически заучивали необходимый материал, а прежде всего думали и запоминали осознанно. Такая методика была встречена унтер-офицерами с явным неудовольствием. Но подпоручик настойчиво добивался своего.
В роте было немало неграмотных молодых солдат, даже русских, не говоря уже о солдатах других национальностей. По требованиям того времени за пять месяцев нужно было научить их читать, писать и считать. Занимались этим унтер-офицеры. И если лица славянской национальности и евреи с данной задачей, как правило, справлялись успешно, то кавказцам грамота давалась очень трудно.
Шапошников четко выполнял свои служебные обязанности. Подчиненные всегда видели его в батальоне аккуратно в 8.30 утра подтянутым, замечающим любую неточность в действиях солдат и обучающих их унтер-офицеров и умеющим ровно и спокойно поправить дело. После обеденного перерыва подпоручик ежедневно вновь приходил в свою роту и проводил предусмотренные занятия, контролировал унтер-офицеров. Вскоре полурота, которой командовал Шапошников, стала заметным в батальоне подразделением в выучке и дисциплине.
Летний лагерный период прошел для Шапошникова не менее успешно, чем зима 1903/04 года. В начале сентября Ташкентскому батальону делал смотр прибывший из Петербурга генерал. Экзамен предстоял очень важный, так как результаты смотра шли в приказ по военному ведомству. В день смотра роте, в которой служил Шапошников, досталось сложное упражнение: стрельба по 12-фигурной мишени в рост одиночным огнем из положения лежа с упора на дистанции 1400 шагов. Сложность стрельбы заключалась в том, что на такой большой дистанции нужно было точно учитывать силу ветра и соответственно выносить точку прицеливания, целясь не под мишень, а на две, даже четыре фигуры от нее в сторону, противоположную направлению ветра.
Сам Борис Михайлович так рассказывает о ходе и результатах этой стрельбы: «Дошла очередь стрелять нашей роте. Запретив унтер-офицерам вмешиваться в дело, дабы не нервировать стрелков, я и ротный командир давали точки прицеливания и наблюдали за каждым выстрелом. Рота дала сверхотличный результат… Сверхотлично стрелял и весь батальон, заняв по стрельбе первое место в лагере».
На деловые качества Шапошникова обратило внимание начальство. В первый же год службы его прикомандировали к штабу округа, предложив наблюдать за печатанием нового мобилизационного расписания, которое было строго секретным документом, и работать с его корректурой.
Некоторый