В то время существовала особая атмосфера в России и армии в связи с начавшейся в январе 1904 года войной с Японией. Многие офицеры с западных военных округов в поисках славы и чинов рвались на театр военных действий. Особенно эти стремления наблюдались у туркестанцев. Дело в том, что командующий Маньчжурской армией, а с осени 1904 года и главнокомандующий вооруженными силами России на Дальнем Востоке генерал от инфантерии А. Н. Куропаткин свою офицерскую службу начинал в 1866 году в том же 1-м стрелковом Туркестанском батальоне, а затем на протяжении одиннадцати лет тесно соприкасался с ним по службе. Это придавало многим особы шарм.
Шапошников также стремился попасть в действующую армию, но ему, по его словам, не повезло при жеребьевке, которую устроил командир батальона для все желающих.
Зато ему повезло в другом. В офицерском собрании батальона имелась довольно богатая библиотека, по оценке Бориса Михайловича, даже лучшая, нежели в общегарнизонном собрании Ташкента. Почти четыре десятилетия накапливались в ней книги, газеты, журналы за счет фонда, который складывался из небольших ежемесячных взносов офицеров. В библиотеке имелись сочинения классиков и видных военных авторов. Осенью 1904 года офицерским собранием батальона Шапошников был избран заведующим этой библиотекой без отрыва от своих прямых служебных обязанностей. По сути дела, это была дополнительная нагрузка, но Борис Михайлович воспринимал ее как особое к нему доверие начальства и дополнительную возможность подготовки к поступлению в Николаевскую академию Генерального штаба.
31 января 1905 года Шапошников был назначен начальником учебной команды батальона с правами ротного командира. Через эту команду проходили все солдаты, призванные на военную службу и направленные в 1-й Туркестанский батальон. Молодой офицер был ошеломлен таким повышением в должности, так как обычно ее занимали офицеры, прослужившие достаточно долго и имевшие чин не меньше штабс-капитана.
Поражение России в войне с Японией очень болезненно будет воспринято обществом и армией. Позже в своих воспоминаниях Б. М. Шапошников будет много писать о том, какие революционные преобразования происходили в российском обществе и даже военной среде после завершения этой войны. Безусловно, все это имело место, и, имея постоянный доступ в периодической печати, Борис Михайлович был в курсе многих событий. Но едва ли он – подпоручик – разделял в то время какие-либо революционные взгляды. В то время его помыслы и энергия были нацелены совсем на другое, а по жизни он уже научился выделять главное.
Осенью 1906 года с Маньчжурии в батальон вернулось три офицера, и один из них принял от Шапошникова учебную команду. Сам Борис Михайлович был произведен в поручики и вернулся к исполнению должности командира полуроты в свое подразделение. При этом по специальному разрешению командования он начал интенсивную подготовку к поступлению в Николаевскую академию Генерального