Andrzej studiował filozofię i teologię na Uniwersytecie Wileńskim. 12 marca 1622 roku (w dniu kanonizacji pierwszych jezuitów: Ignacego Loyoli i Franciszka Ksawerego) otrzymał święcenia kapłańskie, których udzielił biskup Eustachy Wołłowicz. Jako misjonarz przemierzał rozległe obszary na terenie dzisiejszej Polski, Białorusi i Litwy, aby nieść Dobrą Nowinę ludziom opuszczonym i religijnie zaniedbanym.
Przez rok był rektorem kościoła w Nieświeżu (1623–1624), gdzie wspólnie z księciem Albrechtem Stanisławem Radziwiłłem dążył do uroczystego uznania przez króla Matki Bożej za Królową Polski, co zostało spełnione we Lwowie 1 kwietnia 1656 roku. 2 czerwca 1630 złożył profesję (ślubowanie) czterech ślubów zakonnych w kościele św. Kazimierza w Wilnie. Gdy w czerwcu 1625 roku nawiedziła Wilno epidemia, nie zważając na niebezpieczeństwo zarażenia się, pospieszył wraz z innymi na posługę chorym. Następstwem samarytańskiej pomocy była wtedy śmierć sześciu jezuitów; zebrano jednak niemały plon duchowy: wysłuchano 8000 spowiedzi, przykładem heroicznego poświęcenia nawrócono 26 innowierców.
Z końcem 1642 roku lub na początku 1643 przeniesiono Andrzeja do Pińska. Kronika domu odnotowuje w tym okresie wzmożone zaangażowanie miejscowych jezuitów w pracę nad prawosławnymi. Wielu z nich przychodziło do kościoła jezuickiego, aby posłuchać kazań lub nauki katechizmu. To oddziaływanie prowadziło do licznych nawróceń. Nie bez znaczenia była też troska o rozwój kultu maryjnego, którego krzewicielami stały się sodalicje.
W roku 1646 Andrzej znalazł się znowu w Wilnie. Tym razem przyczyną przeniesienia było jego zdrowie, które dotychczas wydawało się nie do zdarcia. Wilno miało klimat bez porównania lepszy aniżeli Polesie. W kościele św. Kazimierza wrócił do poprzednio pełnionych obowiązków i pracował tu przez sześć lat.
W miesiącach letnich 1652 roku, w lepszym stanie zdrowia, powrócił do Pińska, gdzie praktycznie przebywał, z niewielką przerwą, do końca życia. Przez ten ostatni okres swojej ziemskiej działalności pracował przede wszystkim jako misjonarz na Polesiu.
„Zadanie, jakie postawiła przed nim wola Boża wypowiedziana ustami przełożonych, bynajmniej nie było łatwe – czytamy na portalu parafii św. Andrzeja Boboli w Czechowicach-Dziedzicach. – Apostołowanie utrudniały zarówno okoliczności zewnętrzne, jak i atmosfera duchowa. Brak dróg i stąd trudny dostęp do ludzi izolowanych od świata, żyjących na piaszczystych ziemiach, wśród grząskich bagien, sprawił, że stan religijno-moralny Poleszuków był opłakany. Hołdowali oni przeróżnym zabobonom. W niedzielę jeździli wprawdzie tłumnie do miasta, ale w kościele lub cerkwi zjawiali się tylko na błogosławieństwo przed końcem mszy św., a resztę czasu spędzali w karczmie.
Początkowo po wioskach i siołach Pińszczyzny przyjmowano misjonarzy jezuickich bardzo niechętnie. Później jednak, gdy pękły lody nieufności, chłopi gromadzili się licznie na naukach głoszonych w wiejskich chatach. Praca duszpasterska była niejednokrotnie dla Boboli okazją, aby stanąć w szranki z duchownymi prawosławnymi. Oczytanie w pismach Ojców Kościoła greckiego, do czego dopomogła mu wyniesiona z jezuickiej szkoły średniej dobra znajomość tego języka, sprawiło, że z każdej dysputy wychodził zwycięsko. Do największych jego osiągnięć należy przejście na katolicyzm dwu całych wsi: Bałandycze i Udrożyn.
Proporcjonalnie do osiągnięć apostolskich rosła w obozie przeciwnym niechęć do Andrzeja. Gdy pomimo osłabionego zdrowia chodził ciągle od wioski do wioski, obrzucano go nie tylko obelgami, ale także błotem i kamieniami. Uwieńczeniem tej wrogości była sprawa janowska”.
Następnego dnia po męczeńskiej śmierci odzyskano zmasakrowane ciało Andrzeja Boboli. Włożono je do trumny i pochowano w podziemiach pińskiego kościoła. Janowski męczennik podzielił los ponad 40 innych jezuitów zamordowanych w tym czasie na Polesiu. Potem zupełnie o nim zapomniano, podobnie jak o jego męczeńskiej śmierci. Do czasu, aż – 44 lata później – po raz pierwszy, z woli Boga, sam upomniał się o swój kult…
W roku 1712 generał jezuitów Michał Anioł Tamburini SJ wszczął starania o beatyfikację Andrzeja Boboli. Pięć lat później w Janowie Poleskim, w miejscu jego męczeńskiej śmierci, postawiono krzyż pamiątkowy, nieopodal którego w dniu 1 listopada 1723 roku na rynku doszło do dziwnego zjawiska ukazania się świetlanego krzyża. Proces beatyfikacyjny przeciągał się, a następnie został na długie lata przerwany z powodu kasaty zakonu jezuitów w 1773 roku i rozbiorów Polski.
Kult Andrzeja Boboli szerzył się także wśród wyznawców prawosławia. By zahamować tę tendencję, w 1886 roku władze carskie wysłały do Połocka specjalną komisję, która miała za zadanie usunąć relikwie. Kiedy jednemu z komisarzy, dowcipkującemu na temat „polskich metod wyrabiania świętych”, spadła na głowę cegła, ciało męczennika zostawiono w spokoju.
Do wznowienia procesu doszło dopiero w roku 1826. Spośród setek nadzwyczajnych łask wybrano trzy ewidentne cuda, za cud uznano również niewytłumaczalny doskonały stan zwłok męczennika. W 1853 roku Pius IX wpisał męczennika w poczet błogosławionych. 30 października 1853 roku został on beatyfikowany w bazylice św. Piotra w Rzymie. 17 kwietnia 1938 roku, w święto Zmartwychwstania Pańskiego, został kanonizowany przez Piusa XI.
W okresie II Rzeczypospolitej Andrzej Bobola został pośmiertnie odznaczony Krzyżem Niepodległości. Po beatyfikacji kult jezuity ponownie się ożywił. O kanonizację zabiegał sam Józef Piłsudski. 8 sierpnia 1920 roku, na zarządzenie metropolity warszawskiego kardynała Aleksandra Kakowskiego, gwiaździste procesje ze wszystkich parafii warszawskich przybyły po południu na plac Zamkowy i przy wystawionych relikwiach błogosławionego Andrzeja Boboli oraz błogosławionego Władysława z Gielniowa, patrona Warszawy, wypraszały u Boga i Matki Bożej zwycięstwo, błagając o cud. I cud się zdarzył – „cud nad Wisłą”, który odmienił losy wojny.
Zmumifikowane naturalnie zwłoki Boboli przez długie lata otaczane były czcią w kościele parafialnym w Połocku. Kolejną komisję – w 1922 roku – wysłali do Połocka bolszewicy. Tym razem jej zadaniem było zbadanie i potwierdzenie „religijnego oszukaństwa”. Wyjęli ciało z trumny i cisnęli nim o ziemię. Ku ich zdziwieniu zwłoki się nie rozsypały. Miesiąc później uzbrojeni „rabusie” zawieźli ciało do Moskwy. Ukryto je w magazynie gmachu Higienicznej Wystawy Ludowego Komisariatu Zdrowia. „Wykupili” je dyplomaci watykańscy w zamian za dostawy zboża dla głodujących Rosjan. Szczątki Andrzeja Boboli umieszczono w specjalnym relikwiarzu i na statku „Cziczerin” popłynęły z Odessy do Konstantynopola. Do Rzymu relikwie dotarły w dzień Wszystkich Świętych 1923 roku.
W 1938 roku rozpoczął się triumfalny powrót męczennika z Rzymu do Polski. 8 czerwca ciało świętego Andrzeja Boboli specjalnym pociągiem zostało uroczyście przetransportowane z Wiecznego Miasta do Ojczyzny. Tłumy ludzi ze łzami w oczach witały świętego na trasie przejazdu specjalnego pociągu i w kościołach Lublany, Budapesztu, Bratysławy, Ostrawy, a zwłaszcza w polskich miastach – Dziedzicach, Oświęcimiu, Krakowie, Katowicach, Poznaniu, Kaliszu, Łodzi i Warszawie.
Rok później wybuchła wojna. Trumna z ciałem – skutecznie ukrywana w różnych kościołach przed okupantem i niemal cudem uchroniona przed bombardowaniem – po wojnie powróciła na swoje miejsce. Przewieziono ją w konspiracji przed sowiecką władzą jako „zwłoki jednego księdza”.
Złożono