W czteroletnich walkach konfederatów z wojskami rosyjskimi przeważały klęski, sukcesy były nieliczne (obrona Częstochowy, Tyńca, Lanckorony). Ostatnią stoczoną bitwą w tym powstaniu była obrona klasztoru w Zagórzu 29 listopada 1772 roku. Największymi bohaterami konfederacji barskiej stali się: Kazimierz Pułaski, Józef Sawa-Caliński oraz Józef Zaremba. Konfederaci pozostawili po sobie bardzo bogaty zbiór pieśni. Po upadku konfederacji na Sybir zesłano ponad 14 tysięcy jej uczestników, resztę wcielono do armii rosyjskiej. Mocarstwa sąsiednie wykorzystały konfederację barską, aby oskarżyć Polskę o anarchię i dokonać jej I rozbioru. Konfederacja barska, jako masowy ruch, zaktywizowała niewątpliwie szlachtę i rozbudziła patriotyzm, zaowocowała również bardzo obfitą okolicznościową poezją polityczną, liryką pieśniową (zwłaszcza religijno-patriotyczną). Literatura romantyczna stworzyła wyidealizowany obraz konfederacji barskiej, a jej ocena do czasów obecnych wywołuje spory.
Po upadku twierdzy barskiej, 19 czerwca 1768 roku, najeźdźcy zastali ojca Jandowicza „pogrążonego w modlitwie i tak modlącego się zabrali do niewoli”. Został pobity przez kozaków i odesłany jako wyjątkowo niebezpieczny do więzienia w Kijowie. W ciasnej, ciemnej celi więzienia kijowskiego, pod stałą strażą żołnierzy, w zupełnej samotności, nie mogąc ani mówić, ani pisać do kogokolwiek, spędził przeszło sześć lat.
We wrześniu 1773 roku, mimo trudności stawianych przez gubernatora kijowskiego, dzięki interwencji księżnej Sanguszkowej został zwolniony na mocy amnestii. Ponownie powierzono mu stanowisko przeora w Barze. Następnie był przeorem klasztorów w Annopolu i Uszomierzu. W skuteczność modlitw ojca Marka wierzono do tego stopnia, że błogosławieństwo jego uważano za swoistego rodzaju talizman, chroniący od różnego rodzaju niebezpieczeństw. Wiele osób też, jak podaje tradycja, dzięki jego modlitwom powróciło do pełni zdrowia.
W 1786 roku przebywał w Warszawie, w klasztorze oo. Karmelitów na Lesznie. Podczas spotkania z nuncjuszem apostolskim Giuseppe Garampim, czy to pod wpływem niedawnych przeżyć w więzieniu twierdzy kijowskiej, czy może raczej nie mając zaufania do przedstawiciela Watykanu, wyparł się udziału w konfederacji, tłumacząc, że jako kapłan nawet odradzał powstanie zbrojne. Zaprzeczył również, aby udzielał konfederatom błogosławieństwa, i zapewniał, że żywność z konwentu wydawał im pod przymusem.
Zaangażowanie patriotyczne ojca Marka Jandowicza po upadku konfederacji barskiej nie zostało jednak uśpione ani zmniejszone. Błogosławił tych, którzy walczyli o wolną Ojczyznę i modlił się do Boga, prowadząc jednocześnie życie surowe i umartwione. Jego postawa dobitnie świadczyła o tym, że nie był w stanie wymazać z pamięci swojej patriotycznej przeszłości. Karmelita o dostojnej, łagodnej twarzy i głębokim spojrzeniu, jak go przedstawia jedyny zachowany autoportret, był bezsprzecznie gorącym, uduchowionym patriotą, który poświęcił młodość i swoje umiejętności na służbę Bogu w zakonie karmelitańskim, wybierając równocześnie służbę Ojczyźnie. W czasie insurekcji kościuszkowskiej, w Uszomierzu na Polesiu wołyńskim, zdążył jeszcze pobłogosławić przedzierającą się z Ukrainy brygadę generała Józefa Kopcia.
Przepowiednia księdza Marka (Wieszczba dla Polski, 1767 r.).
Pewnego razu zamiast kazania wypowiedział ksiądz Marek karmelita następujące słowa o Polsce:
Dotąd jest Polska berło nie kwitnące,
Dotąd nie będzie wstępne działające.
Ale jak tylko na wstępnym zostanie:
Dygną strachem lutrzy, Moskwa i poganie.
Pierwsi dwaj swojej krnąbrności przypłacą.
A drudzy prawo wraz z państwem utracą.
Kościół na skale stanie się wspaniały,
Dwugłowy kolor zamieni swój w biały,
Jednogłowy piersi czarnego osiądzie,
Z którym złączony cuda czynić będzie.
Natenczas pielgrzym wielkie swoje śluby
Złoży przy grobie – Bogu trybut luby.
Niewolnik wolny będzie od okupu,
Strzelec pozbędzie łakomego łupu.
Róża natury chłód w ciepło zamieni,
Kogut z chytrości – jak wąż – się wyleni.
Tak nasze rano znowu w swoje wieki
Wieszcz opowiada: już czas nie daleki!
A ty, o Polsko! po czasu niewiele
W smutnym się musisz wprzód pogrześć popiele.
Chytre sąsiedzi twoi ciebie zdradzą
I z wielkim ciebie mocarzem powadzą.
Z tak strasznych wojen będzie tortur wiele
Miecz krwi niewinnej obficie wyleje.
Wiele niewinnych marnie zginie braci,
Wstyd poświęcony Bogu panna straci.
Kapłan z ofiarą przy ołtarzu leże
W toż licho z mnichem zakonnika sprzęże.
Cna góra złotem otoczona kołem
Niech ufa Bogu, nisko bije czołem.
Bowiem najbliższą będzie strasznej burzy.
Dym ją z innymi zarówno okurzy.
Kościoły z ozdób odarte zostaną
Dni zgoła wszystkie płaczliwe się staną.
Lecz się najwyższy tej krzywdy użali,
Na nich się samo to nieszczęście zwali.
Więc czyń twojemu wieczne dzięki Bogu,
Bo on im przytrze wyniosłego rogu.
A ty – jak Feniks – z popiołów powstaniesz
Całej Europy ozdobą się staniesz.
Sam profesor Emanuel Roztworowski, który zajmował się przepowiedniami twierdzi, „że proroctwo księdza Marka odegrało w ogóle wielką rolę w wytworzeniu mistycznej atmosfery, w której doszło do zawiązania się konfederacji barskiej”.
Różnie w różnym czasie interpretowano jego Wieszczby. Zdaniem części badaczy proroctwo księdza Marka Jandowicza odnosiło się bezpośrednio jedynie do czasów konfederacji barskiej, w czasach której karmelita był głównym prorokiem i stworzył mistyczny grunt dla jej wybuchu. Adam Mickiewicz w tej wieszczbie dla Polski widział proroctwo dla całego XIX wieku i powstań narodowych. Można sądzić, że podobnie myślało wielu innych romantyków, stąd zapewne właśnie to proroctwo, jak żadne inne dotyczące losów Polski, zyskało ogromny rozgłos w literaturze. Zapewne również ta wieszczba inspirowała naszych