Двухэтажный каменный пятиглавый Спасо-Преображенский собор был построен в 1887–1890 годах. Высота четырехярусной колокольни – 72,6 метра. Фасады собора богато украшены, а бело-голубая гамма делает собор удивительно воздушным. Стены верхнего и нижнего храмов были украшены настенной живописью, выполненной монастырскими художниками. Особенно нарядным убранством отличался интерьер верхнего, холодного, храма Преображения.
Валаам являлся одним из крупнейших центров книгопечатания на Руси. Не стали исключением и наши дни.
В его нижней, двухпрестольной церкви покоились мощи преподобных Сергия и Германа. Вокруг собора были квадратом сооружены корпуса келий. По углам квадрата возвышались Успенская и Никольская церкви. К зимней Успенской примыкали ризница и библиотека.
В 1805 году возведена надвратная церковь во имя Святых апостолов Петра и Павла. Еще две надвратные церкви были освящены во имя Живоначальной Троицы и во имя иконы Божией Матери «Живоносный источник». Над Валаамом возвышается огромная монастырская колокольня. Самым большим среди валаамских колоколов был 1000-пудовый колокол, отлитый в честь апостола Андрея Первозванного.
Наибольший расцвет обители пришелся на XIX век. Игумен Назарий, возглавивший монастырь, начал большое каменное строительство. При нем же возобновилась миссионерская деятельность и утвердились три формы монашеской жизни: общежитийная, скитская и отшельническая.
В 1839 г. на пост настоятеля был назначен отец Дамаскин. За 35 лет своего руководства он добился удивительных результатов в ведении сложного монастырского хозяйства. При нем на Валааме и островах действовало несколько пекарен, больница, аптека, баня, различные мастерские, дававшие продукцию не только для монастырских нужд, но и для продажи на рынке. Особое внимание о. Дамаскин уделял строительству, которое в 1844 г., благодаря налаженному регулярному пароходному сообщению, стало развиваться особенно быстро, планомерно и качественно. Отец Дамаскин добился разрешения проводить строительство на острове только под руководством дипломированных архитекторов. Первым, кого он пригласил, был архитектор академик А. М.Горностаев, который построил немало прекрасных сооружений на Валааме и других островах архипелага.
Отец Дамаскин установил очень жесткие правила монастырской жизни. Попавший сюда не имел возможности покинуть остров: монастырь, начиная еще с XVI в., использовался в качестве места ссылки для духовных лиц (уход из монастыря был запрещен до начала XX века). Дамаскин отменил отшельничество, утвержденное предшественником. Почти все работы на острове выполняли монахи; наемные рабочие и приписанные к монастырю крестьяне занимались, в основном, строительством и прокладкой дорог.
После смерти Дамаскина монастырем управлял его помощник