После выселения христиан из Крыма в (1778 год) монастырь был в запустении. В 1787 году Инкерманскую крепость и некоторые пещеры посетила императрица Екатерина II. Это было не единственное посещение обители царской семьей. Следующим после Екатерины П сюда в 1868 году, после восстановления монастыря приехал Великий князь Алексей Александрович, в 1871 году – наследник Александр Александрович (будущий император Александр III), а в 1872 году – Великая княжна Мария Александровна.
15 апреля 1850 года стараниями архиепископа Иннокентия Инкерманская киновия была возобновлена и освящена во имя священномученика Климента. В 1852 году был восстановлен и освящен главный монастырский храм. Храм имел форму базилики, когда-то два ряда колонн делили пространство церкви на три нефа. До наших дней сохранилась только часть колонн. К церкви ведет длинный коридор, в котором вырублены каменные скамейки. 13 августа 1867 года была освящена во имя Святой Троицы домовая церковь в настоятельском доме.
Во время первой обороны Севастополя пострадали некоторые пещерные помещения монастыря. В 1885 году на месте захоронения погибших была построена часовня. В 1895 году возвели и освятили храм во имя святого великомученика и целителя Пантелеймона.
В 1902–1903 годах при настоятеле архимандрите Иакове на средства ростовского купца Рогожина на плато Монастырской скалы началось строительство соборного храма и двух жилых корпусов.
В 1905 году к 50-летнему юбилею первой обороны Севастополя было освящено еще несколько храмов: пещерный храм во имя иконы «Всех скорбящих Радость», устроенный на месте древней пещерной Софийской церкви; пещерный храм во имя священномученика Димитрия Солунского – на месте одного из средневековых пещерных храмов; храм во имя святителя Николая, Чудотворца Мирликийского, построен на плато Монастырской скалы с двумя приделами.
В 1905 году Инкерманский Свято-Климентьевский монастырь возведен во 2-й класс. К 1917 году в обители подвизалось 25 монахов и 122 послушника.
В 1920 году все храмы превращены в приходские; на национализированных монастырских землях образовалась трудовая артель, в которую вошли оставшиеся здесь монахи. Начиная с 1924 по 1931 год, монастырские храмы постепенно закрываются.
В 1992 году началось возрождение древней обители. Бог послал усердного и деятельного благоустроителя святых обителей и храмов Крыма – архимандрита Августина. За семь лет своей неутомимой деятельности он восстановил три обители и семь церквей. В их числе – Инкерманский монастырь. Но жизнь его трагически оборвалась в автокатастрофе в 1996 году. Погребен архимандрит Августин на территории восстановленного им