Труд восстановления монастыря выпал на долю игумена Серапиона. При нем в 1620 году царем Михаилом Феодоровичем Романовым пожаловано было 40 рублей на строение церкви в честь Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня и 100 рублей на строение колокольни.
Бурный расцвет обители связан с именем одного из наиболее замечательных ее настоятелей, игуменом Гордианом, управлявшим с 1673 по 1700 год.
Прежде всего на долю нового игумена выпала забота об окончании постройки святых монастырских ворот, которые незадолго до того времени начали строиться на средства торговцев Ярославской гостинной сотни Семена и Ивана Матвеевичей Сверчковых. Кроме устройства святых ворот и каменной Никольской церкви над ними, они пожертвовали монастырю также тысячу пудов соли и кроме того истратили на благоустройство обители 2538 рублей 15 алтын и 2 деньги – сумму по тому времени громадную.
Другим большим делом игумена Гордиана была постройка величественной Введенской соборной церкви на месте древней маловместительной и уже обветшавшей. Постепенно подготовлялись материалы для будущего соборного храма, вырабатывался план, и, наконец, в 1681 году Гордиан испросил у митрополита Ионы (Сысоевича) благословение разобрать малый Введенский храм и выстроить новый. Работы начались в том же 1681 году и окончились через два года. Опытный в делах строительства, он очень внимательно приготовлял план будущего храма. Лучшими для подражания были тогда соборы Ростовский и Ярославский и новостроившаяся, обнесенная папертями церковь Иоанна Предтечи в Ярославле. По плану, выработанному Гордианом, нижняя часть храма назначалась быть усыпальницей знаменитых лиц или же настоятелей обители, поэтому сам храм положено было поднять от земли более чем на тридцать ступеней. Всю церковь назначено было, наподобие церкви Иоанна Предтечи, обнести папертями, которые давали бы возможность помещаться народу, издалека приходившему на поклонение чудотворной иконе. Верху здания положено быть пятиглавым. С южной стороны храма устроен придел во имя святых благоверных князей Феодора, Давида и Константина, Ярославских чудотворцев.
Собор стоит посреди монастыря, как раз против святых ворот. Стены и своды храма расписаны стенным письмом греческого стиля в 1690 году искусными мастерами Ярославля и Костромы: Димитрием Семеновым-Сибиряком, Феодором Федоровым, Василием Осиповым и другими, чьи имена записаны на откосе южного нижнего окна западной паперти.
После окончания постройки церкви немедленно начата была постройка трехъярусной величественной колокольни, которая окончена была около 1688 года. На новоустроенную колокольню был поднят вместе с прежними колоколами и новый большой колокол весом в 200 пудов, приложенный в дар обители усердием окольничего князя Никиты Яковлевича Львова, давшего на колокол тысячу рублей. Кроме того –