Но закончить строительство патриарху не удалось: он поссорился с царем, церковный Собор осудил его, снял патриарший сан. Никона сослали в Ферапонтов монастырь. Позже ему было разрешено переехать в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь, но по дороге он умер. Похоронен Никон был в Иоанно-Предтеченском приделе Воскресенского собора.
Простоял Воскресенский храм недолго – рухнул тяжелый шатер, а позже сгорел храм.
Сохранился построенный для патриарха Никона в 1658 году небольшой скит – каменное четырехэтажное здание с гладкими белыми стенами, украшенными цветными изразцами, наличниками, поясками и карнизами с плоской крышей, на которой стоял храм Богоявления Господня. Нижний этаж – четыре комнаты, второй – трапезная Никона, третий ярус – жилая келья с небольшим храмом. Четвертый (с перилами) – спальня с каменным ложем. На той же площадке – храм Святых апостолов Петра и Павла и колокольня. Это одно из немногих дошедших до нас жилых зданий XVII века.
В 1749 году императрица Елизавета Петровна решила восстановить Воскресенский собор и поручила проект архитектору В. Растрелли. Проект был выполнен в пышном стиле барокко. С востока к храму пристроена крипта – подземный храм, устроенный, как в старом Иерусалиме, глубоко в земле. С запада примыкает обширная ротонда, составляющая отличительную особенность собора, в центре ее расположена кубикула (часовня гроба). К общей массе собора примыкают многочисленные приделы и галереи. Стены и башни монастырской ограды были возведены из кирпича в 1690–1694 годах зодчим Яковом Бухвостовым. Очень интересна заглубленная в землю церковь Константина и Елены.
В 1918 году монастырь был закрыт.
До 1941 года у южного фасада собора поднималась столпообразная колокольня в семь ярусов, служившая в ансамбле высотной доминантой и уничтоженная немцами во время войны. Она так и не была восстановлена. Немецко-фашистские войска взорвали Воскресенский собор, ротонду и Крестовую церковь, колокольню, трапезную палату, башни крепостных стен и надвратную Входоиерусалимскую церковь. Интерьер собора значительно пострадал. Факты разрушения Новоиерусалимского монастыря фигурировали на Нюрнбергском процессе.
Титанический труд архитекторов-реставраторов и строителей в 1940–1980 годы позволил восстановить все основные сооружения обители (за исключением колокольни).
В нескольких зданиях монастыря развернута музейная экспозиция; можно посетить крепостную стену, музей деревянного зодчества и скит Никона, расположенные за пределами монастырской ограды.
Воскресенский Новоиерусалимский Истринский монастырь посещали многие известные люди: писатели, поэты, художники