В 1556–1566 годах шло строительство Спасо-Преображенского собора. Это уникальный памятник древнерусской архитектуры. Он также строился храмом-крепостью: к зданию собора, имеющему кубический объем, по углам пристроены приделы, напоминающие башни.
Успенский и Спасо-Преображенский соборы соединялись подземным ходом, позже – и наземной галереей.
При игумене Филиппе монастырь стал одним из лучших и богатейших монастырей. Иван Грозный привечал деятельного игумена. По его инициативе Филипп стал митрополитом Московским и всея Руси, но оставался им менее двух лет, т. к. противостал царю, открыто осуждая опричнину, убийства и грабежи. Он был лишен сана митрополита, заточен в Отроч монастырь и задушен опричником Малютой Скуратовым.
В 1584 году началось строительство крепости, которым руководил монах Трифон. Шло оно 14 лет. Длина стен – 1084 м, ширина у основания – 6 м, и 3–4 м вверху. Фундамент, на котором возводились стены, достигал глубины 2,5 м. Почти все стены и башни были выложены из природных гранитных валунов. В крепость вели семь ворот.
С сооружением укреплений в монастыре окончательно формируется архитектурный ансамбль, постройки последующих веков лишь дополняют его. В XVIII веке была построена трехярусная колокольня. В XIX веке приобрела свой окончательный вид Никольская церковь, возведенная еще в XVI веке.
В конце XIX века на островах Соловецкого архипелага, где с течением времени возникали скиты и пустыни, насчитывалось 24 часовни.
Драматичная история Соловецкой обители хранит память о восстании монахов, не принявших Никоновой реформы. Восемь лет сопротивлялся монастырь-крепость правительственным войскам, пока один из монахов не показал осаждавшим тайный ход. Тогда было казнено около 400 человек.
Соловецкий монастырь служил местом ссылки Максима Грека, Авраамия Палицына, Симеона Бекбулатовича, Василия Долгорукова, Петра Толстого и других.
Не раз монастырским стенам и их защитникам приходилось отражать атаки интервентов. С позором удалилась от стен Соловецкой крепости английская эскадра, подвергшая обитель девятичасовой артиллерийской атаке. Около 1800 ядер и бомб, выпущенных из английских орудий, лишь незначительно повредили стены и башни, а из защитников вообще никто не пострадал.
Самые страшные события, пожалуй, происходили на святой северной земле Соловков после закрытия монастыря, когда в обители обустроили концлагерь СЛОН (Соловецкий лагерь особого назначения).
Но вот минули годы, когда на территории Соловков был совхоз, потом тюрьма, учебный морской отряд и школа юнг, филиал Архангельского краеведческого музея, – и под древними сводами