В 1701 г. функции Думы перешли к «Ближней канцелярии», объединявшей работу важнейших государственных органов. Лица, состоявшие в ней, именовались министрами, а их Совет получил название Конзилии министров (количество ее членов колебалось от 8 до 14 человек). С учреждением в феврале 1711 г. Сената окончательно перестала функционировать Боярская дума. Царь контролировал деятельность Сената через специально созданные органы. Здесь обсуждались и решались голосованием основные вопросы, подведомственные Сенату, вначале – единогласно, а с 1714 г. – большинством голосов. При Сенате имелся разрядный стол (позже его сменила герольдмейстерская контора во главе с герольдмейстером), ведавший учетом дворян, прохождением ими службы, назначением дворян на государственные должности; расправная палата – для расследования служебных преступлений и злоупотреблений; генерал-рекетмейстер – для приема и рассмотрения жалоб на центральные учреждения. При Сенате существовало несколько особых должностей: фискалы – они должны были «тайно проведывать, доносить и обличать» все злоупотребления должностных лиц, как высших, так и низших, надзирать за исполнением законов, преследовать казнокрадство, взяточничество и хищения, совершенные должностными лицами. Во главе фискалов находился генерал-фискал, назначавшийся царем, со своим обер-фискалом, назначавшимся Сенатом. Им подчинялись фискалы при коллегиях, провинциал-фискалы в губерниях и городовые фискалы в городах. До образования коллегий (1718–1720 гг.) средством административной связи Сената с местными учреждениями служили губернские комиссары, состоявшие при Сенате (по два от каждой губернии).
Независимое положение в Сенате занимал генерал-прокурор со своим помощником – обер-прокурором. Должность генерал-прокурора была учреждена в 1722 г. для гласного надзора за деятельностью всех учреждений, в том числе и Сената. Генерал-прокурору, ответственному только перед царем, подчинялись прокуроры, учрежденные при коллегиях и надворных судах. Он возглавлял сенатскую канцелярию. Все дела, поступавшие в Сенат, обязательно проходили через генерал-прокурора и им вносились на рассмотрение. Он созывал заседание Сената и председательствовал на них, пользовался правом донесения царю о неправильных действиях Сената, обладал законодательной инициативой.
Сенат сосредоточил в своих руках управление центральными и местными учреждениями, решал вопросы текущей внутренней и внешней политики. Он был высшей судебно-апелляционной инстанцией, а также иногда являлся судом первой инстанции. Его решения не подлежали обжалованию. Сенат являлся органом надзора за судами, финансовым управлением, осуществляя этот надзор через фискалов, прокуроров и рекетмейстеров. С 1722 г. Сенат получил право посылать ежегодно в губернии и провинции одного ревизующего сенатора. После реформы местного управления 1775 г., когда генерал-губернаторы и губернаторы получили право непосредственного