Во главе государства начиная с 1547 г. стоял царь. Изменение титула было важной политической реформой, целью которой было укрепление власти монарха. В конце XVI в. сложился порядок утверждения и избрания царя на Земском соборе. Царь был главой государства, но правил он не единолично, а вместе с Боярской думой и Земскими соборами.
Боярская дума. Боярская дума была постоянно действовавшим органом при царе и решала вместе с ним основные вопросы управления, внешней политики, законодательства, охраны государства и т.д. При Боярской думе создается специальное делопроизводство, канцелярия с дьяками и подьячими. Это давало возможность более реально решать вопросы управления и иметь постоянные контакты с приказами.
Система приказов. Система приказов – это система органов центрального отраслевого управления. Число приказов значительно увеличилось, выросли штаты, более четко определились компетенция, порядок делопроизводства. Продолжали действовать Посольский, Разрядный, Ямский приказы. Большое значение имел Поместный приказ, рассматривающий судебные споры по земельным делам. В связи с созданием стрелецкого войска был образован Стрелецкий приказ. С появлением специализированных постоянных военных частей возникли Пушкарский, Рейтарский приказы. Полицейские функции и суд по «разбойным» делам, как и раньше, осуществлял Разбойный приказ. Московская полицейская служба и суд по важнейшим уголовным делам находились в руках Земского приказа. Он выполнял и другие функции: ведал переписями дворов, собирал подати с посадского населения Москвы. Важную роль играли финансовые приказы. Приказ большого прихода ведал таможенными пошлинами, откупами, торговыми сборами. Прямые налоги с городского населения, занятого торговлей и ремеслом, собирал Приказ большой казны. Приказ с названием «Новая четверть» ведал питейными доходами. Казенный приказ занимался личной казной царя и хранением царских драгоценностей. В 1656 г. был учрежден Счетный приказ, проверявший (время от времени) расходные и приходные книги приказов. Особенностью каждого приказа было сосредоточение в его ведении не только управления, но и судебных функций.
В сфере обеспечения внешнеполитической безопасности государства, а также разведывательной деятельности, наиболее важную роль играл Посольский приказ, который был в России первой самостоятельной государственной структурой, ведавшей всеми вопросами международных отношений и разведывательной деятельностью с 1549 г. При этом в этот период не делалось различий между дипломатической и разведывательной службой. В сравнении с предыдущем периодом функции по хранению дипломатических, секретных и других важных документов в этот период перешли непосредственно Посольскому приказу.
В 1565 г. на территории Кремля была построена отдельное учреждение – Посольская изба (Посольская палата), которая являлась собственной канцелярией Ивана IV по иностранным делам. Посольская