В 1663 г. к Приказу тайных дел перешла часть функций Приказа Большого дворца по управлению царским хозяйством, охране и обслуживанию царской семьи.
Дьяк Приказа тайных дел должен был всегда находиться вблизи от царя на случай, если понадобится для какого-либо спешного, секретного поручения. В его обязанности входило организовывать тайную охрану, сопровождать царя во время походов и выездов на охоту, а также богомолье. Дьяк одним из первых встречал иностранных послов при посещении ими кремлевского дворца и одним из последних провожал их.
Для работы в Приказе тайных дел отбирались наиболее проверенные и способные, хорошо знающие грамоту, сообразительные подьячие из других приказов. Они проходили специальную школу обучения, созданную при Спасском монастыре. Выполнявшие сложные и ответственные поручения подьячие Приказа тайных дел получали гораздо большее жалованье, чем служащие других государственных учреждений. Они кормились (получали жалованье) во дворце (от казначея царя) и получали значительные суммы на дорожные и всякие иные расходы, связанные с выполнением поручений царя. Так, на пошив парадной одежды им выдавалось вдвое больше денег, чем подьячим Приказа Большого дворца, а по праздникам они щедро награждались.
Подьячие Приказа тайных дел назначались дьяками в другие приказы, дьяки же Приказа тайных дел становились думными дьяками, но и в этом случае они продолжали оставаться особо доверенными царскими чиновниками и привлекались к выполнению все тех же секретных заданий.
Царь Алексей Михайлович, а также дьяк в «государевом имени» большинство приказаний отдавали в устной форме. Если приказ (указ) отдавался письменно, то его имел право читать только тот, кому он был непосредственно адресован. Прочитав секретное распоряжение, адресат тут же должен был вернуть его посланцу. А если посланец по каким-либо причинам не мог вручить его адресату, то должен был вернуть царю или своему высшему должностному лицу в нераспечатанном виде.
Выполнив секретное поручение, подьячие Приказа тайных дел были обязаны немедленно докладывать об этом лично царю. Если доклад был письменным, то излагать на бумаге суть поручения запрещалось. В этом случае писалось, что указ выполнен, возможны были варианты с дополнительными комментариями.
Когда нужно было доставить особо важное, секретное письмо иностранному правителю, собственному послу или воеводе, царь посылал запечатанный пакет не с обычным гонцом, а с одним из подьячих Приказа тайных дел. При этом подьячему давались дополнительные задания разведывательного характера: разузнать информацию, интересующую царя, собрать сведения о настроении населения, с некоторыми лицами наедине провести доверительные беседы по вопросам, перечисленным в тайном наказе, составленном лично царем. Подьячим