Однако усиливались выборные тенденции, поэтому в ряде регионов в порядке исключения федеральная власть разрешила проведение выборов глав администраций. Этот процесс продолжал развиваться и завершился принятием 17 сентября 1995 года Указа Президента РФ, который определял срок выборов назначенных президентом глав администраций субъектов Федерации – декабрь 1996 года. Таким действием был осуществлен переход к выборной системе руководителей исполнительной власти субъектов Федерации.
Формирование региональной элиты продолжили выборы народных представительств, ставших после роспуска в конце 1993 года советов всех уровней, полноценными законодательными органами власти.
Выборы стали одним из самых значительных достижений демократии в России и глубоко изменили всю ее политическую систему. Была создана база для разделения властей, формирования гражданского общества, создания равноправных субъектов федерации. Однако выборность глав субъектов РФ, позволив губернаторам стать независимыми от центра, дестабилизировала политическую ситуацию. Возникла опасность новой волны «парада суверенитетов», которая могла привести к распаду РФ. Федеральная власть теряла рычаги влияния на региональную элиту.
В декабре 1995 года изменился порядок формирования Совета Федерации (СФ). В соответствии с принятым положением верхняя палата российского парламента стала формироваться делегированием двух руководителей каждого субъекта Федерации – глав исполнительной и законодательной власти. В СФ стали образовываться межрегиональные ассоциации по территориальному и экономическому принципам, грозившим центру утратой его политического и финансового контроля.
Для предотвращения негативных тенденций и укрепления властной вертикали Президент РФ Владимир Путин инициировал политические реформы. В 2000 году изменился принцип формирования Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации: в верхнюю палату парламента стали делегировать по одному представителю от исполнительной и законодательной власти субъекта Федерации, но не первых лиц, как было ранее. В конце 2004 года был принят федеральный закон, изменивший порядок избрания глав субъектов РФ: это стали делать соответствующие законодательные собрания по представлению Президента России. В марте 2005 года в Ненецком автономном округе состоялись последние всенародные выборы главы его администрации. Таким образом была восстановлена власть федерального центра, а главы регионов стали зависимы от Президента РФ. Опасность ее распада