Diese weniger ehrliche Herangehensweise an die Archäologie führte zwangsläufig dazu, dass die Fülle archäologischer Entdeckungen — statt Begründung der biblischen Erzählungen — ihre eigene Glaubwürdigkeit diskreditierte, indem sie unerklärliche Anomalien verursachte. Die Forscher hatten zum Beispiel Schwierigkeiten, darin übereinzustimmen, welche archäologische Periode dem Patriarchalischen Zeitalter entsprach; übereinzukommen, wann Abraham, Isaak und Jakob tatsächlich lebten; und übereinzustimmen, wann das Grab der Patriarchen in Hebron gekauft wurde, um als Begräbnisstätte für die Patriarchen und die Matriarchinnen zu dienen.
Nach biblischer Chronologie errichtete Salomon den Ersten Tempel 480 Jahre nach dem Auszug aus Ägypten (1. Buch der Könige 6:1), dem weitere 430 Jahre für den Aufenthalt in Ägypten hinzugefügt werden mussten (2. Buch Mose 12:40), was zusammen mit den außergewöhnlichen Lebensspannen der Patriarchen zu einem Datum des 21. Jahrhunderts v. Chr. für Abrahams Zug nach Kanaan führte. Es ist jedoch kein Beweis gefunden worden, der einer solchen Chronologie entspricht. In den 1960er Jahren schlug Albright vor, dass Abrahams Wanderungen der mittleren Bronzezeit (22. bis 20. Jahrhundert v. Chr.) zugeordnet werden sollten, aber Benjamin Mazar — der als Autorität auf dem israelischen Zweig der biblischen Archäologie angesehen wurde — schlug vor, dass der historische Hintergrund des Patriarchalischen Zeitalters tausend Jahre später, in der “Siedlungsperiode” des 11. Jahrhundert v. Chr. angesetzt werden sollte. Solche Vorschläge wurden von anderen abgelehnt, die die Historizität der Erzählungen als Legenden der Vorfahren während der Zeit des Judäischen Königreichs betrachteten.
In Bezug auf den Auszug aus Ägypten, die Wanderungen in der Wüste und die Sinai-Erzählung gab es keine ägyptischen Dokumente, um solche Behauptungen zu untermauern, und während manche Juden aus dem alten Ägypten vertrieben worden waren, ist es höchst unwahrscheinlich, dass die Zahl der Vertriebenen auch nur annähernd der von jüdischen Schriftgelehrten behaupteten Zahl entsprach. Wenn tatsächlich ein so bedeutsames Ereignis stattgefunden hätte — 600.000 Menschen hätten damals mindestens ein Viertel der Bevölkerung Ägyptens repräsentiert — wäre es sicherlich gerechtfertigt gewesen, dies sorgfältig aufzuzeichnen oder zumindest erwähnt zu werden. Zahlreiche ägyptische Dokumente erwähnen jedoch den Brauch, dass Nomadenhirten in Ägypten eintrafen, um im Nildelta während Dürreperioden und Nahrungsknappheit zu campieren, aber solche harmlosen Vorfälle über viele Jahrhunderte hinweg waren häufiger als ein einzelnes, außergewöhnliches Ereignis.
Darüber hinaus haben sich Forscher ständig bemüht, den Berg Sinai und die Wüstenlager der wandernden Stämme zu lokalisieren, aber trotz erheblicher Anstrengungen wurde kein einziger Ort gefunden, der der biblischen Erzählung entspricht. Da die Hauptereignisse in der Geschichte der Israeliten weder durch archäologische Entdeckungen noch durch nicht-biblische Dokumente belegt werden, sind sich die meisten Historiker darin einig, dass der Aufenthalt in Ägypten und die Ereignisse des anschließenden Auszugs auf eine vernachlässigbare Zahl von Nomadenfamilien zurückzuführen sind, deren Geschichte verschönert wurde, um den Bedürfnissen einer nationalistischen Ideologie Rechnung zu tragen.
Sogar die historisch wichtige Geschichte, wie das Land Kanaan von den Israeliten erobert wurde, ist aufgrund der Schwierigkeiten, die man bei der Suche nach den archäologischen Beweisen gefunden hat, zu zweifelhaft, um diese biblische Behauptung zu unterstützen. Ausgrabungen verschiedener Expeditionen in Jericho und Ai — Städte, deren Eroberung im Buch Josua gewissenhaft detailliert ausgeführt wird — haben nichts ergeben, abgesehen davon, dass es während der vereinbarten Eroberungszeit in der späten Hälfte des 13. Jahrhunderts v. Chr. Städte an keinem der Orte und ganz sicherlich keine Mauern gab, die hätten “einstürzen” können. Als Reaktion auf diesen Mangel an Beweisen wurde eine Vielzahl von laschen Erklärungen dargeboten, darunter der Vorschlag, dass Jerichos Mauern vom Regen weggespült worden waren.
Vor fast einem halben Jahrhundert brachten biblische Gelehrte die Idee hervor, dass die Eroberungserzählungen als nichts anderes als mythische Legenden angesehen werden sollten, weil mit der Entdeckung von immer mehr Standorten offensichtlich geworden war, dass die fraglichen Orte zu verschiedenen Zeiten einfach versandet sind oder aufgegeben wurden. Es wurde daher letztlich der Schluss gezogen, dass es keine faktischen Beweise gab, die die biblische Erzählung einer Eroberung durch israelische Stämme in einer von Josua angeführten Militärkampagne unterstützen sollten.
Während die biblische Erzählung das Ausmaß — “großer Städte mit himmelhohen Mauern ” (Deuteronomium 9:1) — der von den Israeliten eroberten kanaanitischen Stadtbefestigungen übertrieb, war die Realität bei ausgegrabenen Stätten eine Andere. Sie enthüllten nur Überreste von unbewohnten Siedlungen, die aus einer kleinen Anzahl von Behausungen bestand, die kaum als Städte angesehen werden können. Es war folglich offensichtlich, dass sich die städtische palästinensische Kultur im späten 13. Jahrhundert v. Chr. über einen Zeitraum von hunderten von Jahren aufgelöst hatte, statt das Ergebnis der militärischen Eroberung durch die Israeliten zu sein.
Darüber hinaus waren die Autoren der biblischen Beschreibungen entweder mit der geopolitischen Realität in Palästina, die bis zur Mitte des 12. Jahrhunderts v. Chr. der ägyptischen Herrschaft unterworfen war, nicht vertraut oder ignorierten sie bewusst. Es befanden sich ägyptische Verwaltungszentren in Gaza, Japho (Jaffa) und Beit She'an, wo zahlreiche ägyptische Orte auf beiden Seiten des Jordan ebenfalls entdeckt wurden. In der biblischen Erzählung wird eine solche prominente ägyptische Präsenz nicht erwähnt, und es ist offensichtlich, dass die Schriftgelehrten einer wichtigen historischen Realität nicht bewusst waren oder diese absichtlich wegließen, sodass archäologische Entdeckungen das biblische Szenario der “großen” kanaanitischen Städte, uneinnehmbare Befestigungsanlagen mit “himmelhohen Mauern” und dem Heldentum einiger israelitischer Eroberer, die von Gott im Kampf gegen die zahlreicheren Kanaaniter unterstützt wurden, allesamt theologischen Rekonstruktionen waren, die keine sachliche Grundlage hatten.
Selbst das stufenweise Aufkommen der Israeliten als Volk war Gegenstand von Zweifeln und Diskussionen, weil es keine Beweise für eine spektakuläre militärische Eroberung befestigter Städte oder Beweise für die tatsächliche Identität der Israeliten gab. Archäologische Entdeckungen deuten jedoch darauf hin, dass einige Zeit nach 1200 v. Chr., die mit der “Siedlungs”-Phase identifiziert wurden, hunderte von kleinen Siedlungen in der zentralen Bergregion gegründet wurden, in denen Bauern das Land bearbeiteten oder Schafe heranzogen. Da bereits festgestellt worden war, dass diese Siedler nicht aus Ägypten gekommen waren, wurde vorgeschlagen — da in den Hügeln Gräber ohne Siedlungen entdeckt wurden — dass sie Hirten waren, die durch die Region wanderten und eine Tauschwirtschaft mit den Talbewohnern, durch den Austausch von Fleisch gegen Getreide, betrieben. Mit dem allmählichen Zerfall der städtischen und landwirtschaftlichen Systeme waren diese nomadischen Schafhirten jedoch gezwungen, eigene Getreidekörner zu produzieren, die die Etablierung permanenter kleiner Siedlungen erforderten.
“Israel” wird in einem einzigen ägyptischen Dokument aus dem Jahr 1208 v. Chr. erwähnt, der Zeit des Königs Merenptah, welches bekundet, dass "Kanaan von jedem Bösen geplündert wurde, Ascalon besetzt ist, Gezer festgesetzt ist, sich Yenoam zu etwas entwickle als habe es nie existiert und Israel verwüstet ist, jedoch dessen Saat nicht.” Indem Merenptah