Обладая многолетним опытом работы в Министерстве внутренних дел и Комитете министров, а также участвуя в заседаниях Государственного совета и Сената, В.П. Кочубей настаивал на том, чтобы предельно четко определить сферу деятельности каждого из этих органов власти. В записке на имя императора он предлагал провести реформу системы государственного управления на следующих основаниях: 1) «…сохранить Государственный совет, предоставя ему исключительно дела законодательные, коих то: новые законы, учреждение толкования законов, определение росписи доходов и расходов государственных»; 2) Сенат становится исключительно высшей судебной инстанцией, без каких-либо дополнительных административных полномочий; 3) высший административный орган исполнительной ветви власти – Совет министров, его основная задача – координация действий всех министерств, подготовка предложений по усовершенствованию российского законодательства императору и Государственному совету.
В целом положительно оценивая работу министерств после повышения в 1810–1811 годах личной ответственности министров, В.П. Кочубей писал о появлении новой негативной тенденции: усложнение порядка делопроизводства привело к излишней бюрократизации исполнительной ветви власти. Для предотвращения этого положения он предлагал упразднить или объединить близкие по своим функциям министерства. Целесообразным представлялось, например, слияние Министерства полиции и Министерства внутренних дел, Министерства народного просвещения и Министерства духовных дел, Министерства финансов и Государственного казначейства. Кроме этого, снижение темпов бюрократизации системы государственного управления, видимым проявлением которой стало повсеместное распространение «ненужной и многочисленной переписки», могло быть достигнуто за счет унификации и упрощения официального порядка делопроизводства. Общей целью всех предложений В.П. Кочубея было создание оперативно действующей и экономичной системы управления.
Как и многие представители образованной части российского общества периода царствования Александра I, Кочубей размышлял о необходимости установления в России Конституции. Основой его рассуждений стал тезис о невозможности в силу масштаба страны, ограниченности времени и способностей одного человека, даже если он хорошо подготовлен к исполнению обязанностей монарха, единолично управлять Российской империей. В декабре 1814 года, размышляя над проблемой, «как действительно Государю обнять все отрасли управления…»,