По распоряжению Александра I в июле 1801 года Виктор Павлович был принят на службу в 1 департамент Сената с особым предписанием – находиться при Его Императорском Величестве. Хотя в сентябре того же года он был вновь назначен вице-канцлером и членом Коллегии иностранных дел, важнейшим для него остается разработка в «Негласном комитете» плана предстоящих преобразований. В состав этого неофициального кружка приближенных друзей императора, как известно, входили граф П.А. Строганов, Н.Н. Новосильцев и А. Чарторыйский. Присоединенный по приглашению Александра I к этому «триумвирату» Кочубей становится активным участником обсуждения вопросов реформирования системы центральных органов государственной власти, разработки общих подходов к решению крепостного вопроса, определению приоритетных направлений внешней политики.
Император по достоинству оценил умение В.П. Кочубея четко формулировать свои мысли, способность видеть в любом теоретическом положении возможность практического применения, а главное – стремление анализировать вероятные последствия предполагаемых преобразований. Все это способствовало привлечению Кочубея на целый ряд официальных должностей. В соответствии с указом и декабря 1801-го он был включен в состав Непременного совета, а в 1802–1807 годах был министром внутренних дел и одновременно председателем Комитета для составления положения о лифляндских и эстонских крестьянах (с 1803-го). С 1805 года Кочубей участвует в работе Комитета для совещания по делам сохранения всеобщего спокойствия и тишины граждан и облегчения народного продовольствия на время отсутствия императора в столице. Позднее, по распоряжению императора от 13 января 1807 года, возглавляет Комитет охранения общественной безопасности. В 1809-м он становится председателем Комитета для изыскания средств к восстановлению равновесия в бюджете, а с начала 1810 года активно участвует в работе Государственного совета.
В 1819-м он был вновь назначен министром внутренних дел и находился в этой должности до 1823 года. Кроме того, с 1820-го руководил рядом особых комитетов и комиссий, в том числе Комитетом по делам Царства Польского, Комитетом по азиатским делам, Комитетом временных пособий белорусским губерниям. За время службы В.П. Кочубей был награжден Большим крестом ордена Владимира 1-й степени (1814), крестом ордена Андрея Первозванного и Анны 1-й степени (1821). Летом 1823 года он подал прошение о предоставлении ему бессрочного отпуска для лечения за границей.
Известия о смерти императора Александра I, а потом – о событиях на Сенатской площади 14 декабря 1825 года Кочубей получил, находясь в Европе. В этих условиях он посчитал необходимым выразить новому императору свою готовность вновь поступить на службу. После его возвращения в Россию Николай I издает указ о назначении его председателем Государственного совета и Комитета министров (1827–1834), а в апреле 1834 года – на должность канцлера по внутренним делам. За многолетнюю службу