Позже, в рамках подготовки министерской реформы, В.П. Кочубею было поручено заняться разработкой основных положений, определивших порядок работы новых структур управления. В качестве помощника, способного быстро и четко сформулировать основные идеи нового законоположения, он привлекает М.М. Сперанского. С этого момента тот неоднократно выступает в качестве консультанта при составлении целого ряда докладных записок и проектов В.П. Кочубея.
Принадлежность к высшей правительственной элите, участие в работе Государственного совета и Министерства внутренних дел сформировали понимание необходимости проведения преобразований. Обсуждение проектов реформирования Сената и проблемы модернизации российского законодательства, разработка мер по стабилизации государственного бюджета и поиск способов правового регулирования взаимоотношений между крестьянами и помещиками – все это открывало доступ к информации о положении в стране, вариантах решения актуальных социально-экономических проблем, а также позволяло предоставлять лично императору не только официальные доклады, но и «особые мнения», записки и проекты реформ.
Следует также учесть, что круг обязанностей министра внутренних дел в годы пребывания на этом посту В.П. Кочубея был значительно шире, чем это обычно представляют. К компетенции министерства относились вопросы управления торговлей и мануфактурной промышленностью, организация медицинского обслуживания населения и почтового сообщения. Кроме того, министр осуществлял взаимодействие с губернскими властями, приказами общественного призрения, казенными палатами и предводителями дворянских губернских собраний. Столь широкий спектр обязанностей обусловил постановку целого комплекса общих вопросов, без которых невозможно было решать текущие задачи: каким образом ускорить экономическое развитие российской экономики; что необходимо сделать для повышения эффективности системы управления; как осуществить своевременное обновление законодательства и обеспечить действительное соблюдение всех нормативно-правовых актов. Для В.П. Кочубея ориентиром для поиска ответов на эти вопросы были либеральные принципы свободы личности, неприкосновенности частной собственности и верховенства закона.
В отношении фабрично-заводской промышленности стратегической задачей правительства он считал создание благоприятных условий для проявления частной инициативы граждан. Так, например, в отчете о работе Министерства внутренних дел за 1802–1807 годы Кочубей предлагал «оставить частным видам промышленности сколь можно свободное течение, не стеснять их ни в выборе предметов,