В 1827 г., будучи командиром флагманского корабля «Азов» и начальником штаба эскадры, участвовал в Наваринском сражении. С 1833 г. – вице-адмирал Черноморского флота и портов Черного моря, а также военный генерал-губернатор Севастополя и Николаева.
В короткий срок Лазарев сумел реорганизовать Черноморский флот. В период его командования на флоте царили идеальный порядок, жесткая дисциплина, корабли новой конструкции отличались высокими боевыми качествами и имели роскошный вид.
Лазарев издал первый атлас Черного и Азовского морей и русскую карту Средиземного моря. Он воспитал плеяду выдающихся русских моряков – Нахимова, Корнилова, Путятина, Истомина, Шестакова, Лесовского, Бутакова.
Лазарев был инициатором оснащения флота паровыми двигателями. Он сам разработал проекты сначала колесного, а потом винтового парохода. Михаил Петрович предвидел, что скоро паровые суда вытеснят парусные, и заранее принял меры по обеспечению их углем. Лазарев командировал капитан-лейтенанта Матюшкина в Донбасс. Тот должен был ознакомиться с угольными копями и отобрать образцы угля из разных шахт. Для начавших поступать на флот пароходов выбрали донецкий уголь.
По Адрианопольскому мирному договору в 1829 г. черноморское побережье отходило к России. К его берегам потянулись контрабандисты и работорговцы. Перед Лазаревым встало много задач. Реорганизовать службу крейсеров вдоль всего Черноморского побережья от Анапы до турецкой границы. Изучить побережье и высадить десанты в стратегических его пунктах. Построить на занятых плацдармах военные укрепления.
Михаил Петрович Лазарев
За 4 года на черноморском побережье было высажено 8 крупных десантов. Пятью из них командовал Лазарев. Высадки десантов проходили по четко разработанному плану. Высаживаемые войска поддерживались непрерывным огнем. В результате тщательной подготовки операций Лазарев добивался успеха при небольших потерях.
Именем М.П. Лазарева назван район Сочи, мысы в Амурском лимане и в северной части о. Унимак, бухта и порт в Японском море, горная цепь в Антарктиде, две антарктические станции (Лазарев и Новолазаревская), остров в Аральском море, улицы в Москве и Липецке, площадь в Севастополе.
Построенные на побережье форты должны были заставить горцев признать власть России. Но, как писал Ф.Ф. Торнау, «именно горцы держали гарнизоны в постоянной осаде, а не наоборот». Форт Лазарева был первым взят убыхами и шапсугами во время восстания под командованием Берзека Хаджи Дагумоко Исмаила в начале февраля 1840 года. Горцы ранним утром очень тихо окружили со всех сторон укрепление. Их нападение было неожиданным для часовых и гарнизона. После ожесточенного боя черкесы ворвались в казармы. Изрубили всех больных и забрали амуницию. Из погребов вынесли