В последующие дни солдаты расчищали от леса, колючек и лиан занятую территорию и прилегающие к ней участки. Команды рубщиков начали заготовку материалов для строительства крепости.
23 апреля торжественно заложили крепость и приступили к ее постройке, назвав ее «Александрия», так как этот день был днем рождения императрицы Александры. Через год форт переименовали в укрепление Навагинское в честь одноименного полка (хотя он не участвовал в высадке десанта в устье реки Сочи).
После закладки крепости нападения убыхов продолжались. Горцы сражёались ожесточенно и очень смело. Даже если их было несколько человек, они кидались в середину русской пехоты и погибали.
К концу июля 1838 года строительство форта было закончено. Он имел форму неправильного четырехугольника. В центре долго сохранялись развалины круглого, похожего на храм, здания. Оно было сложено из дикого камня, который потом пошел на сооружение фундамента церкви. Со стороны реки построили трехъярусную каменную башню из привезенного на военных транспортах керченского известняка. В каждом ее ярусе было отверстие для бойниц. Остальные стены укрепления возвели из деревянных брусьев и кольев, переплетенных хворостом и засыпанных землей.
В октябре 1841 года начали строительство небольшой двухъярусной башни к востоку от горы Батарейка. Чтобы лишить горцев возможности обстрела крепости, ее не достроили. Заменили блокгаузом с небольшим гарнизоном, но и он был оставлен из-за постоянных нападений и осад горцев.
После завершения строительства в форте оставили отряд из 400 человек. Остальные войска вывезли в Сухум-Кале. Положение гарнизона крепости было очень тяжелым. Она со стороны берега была полностью блокирована убыхами. Связь с другими русскими укреплениями осуществлялась только по морю. Недоставало доброкачественной пищи. Люди болели и умирали (уже через месяц из 400 человек 100 заболели и 5 умерли).
Перед Крымской войной Навагинский форт стал одним из лучших укреплений Черноморской береговой линии. Он имел великолепный вид. Внутри были построены добротные здания, церковь. Все свободное пространство занимали сады.
И.К. Айвазовский. Десант Н.Н. Раевского у Субаши. 1839 г.
При занятии форта в 1864 году (после Крымской войны) Даховский отряд застал в укреплении только одни руины. Башни и батареи были полностью разрушены. От крепостных зданий остались только стены. В развалинах нашли 18 старых испорченных орудий.
В операции по высадке десанта в Субаши участвовал знаменитый русский живописец И. Айвазовский. Лазарев и Раевский попросили его запечатлеть военные действия на полотне. Он плыл с ними на флагманском корабле «Силистрия».
Художник отправился на берег вместе со вторым десантом. У него был пистолет и портфель с бумагой и рисовальными принадлежностями. Но участвовать в сражении ему не пришлось. Ранили его приятеля мичмана Н.П. Фридерикса, и Айвазовский отвез