В предпринятой им организации храмовой жизни ярче всего проявилась описанная выше двойственность политики, в которой сочетались традиционное начало, характерное для власти Раннединастических номовых энси, и новаторские принципы, заложенные правителями Аккадской династии. С одной стороны, он последовательно отказывается от присвоения и огосударствления храмовой собственности и земель, не решается расценивать храмовое хозяйство как принадлежащее царю и каждый раз подчеркивает в своих надписях, что храмовые земли принадлежат не правителю, но богу. В этом он, казалось бы, следует в русле воззрений, заложенных авторами «реформы» Уруинимгины (Урукагины). Однако, с другой стороны, Гудеа отнюдь не возвращается к прежней системе множества храмовых хозяйств отдельных божеств, а создает вместо десятков разрозненных владений отдельных храмов единое для всего Лагаша централизованное управление всеми храмовыми землями. При этом все существовавшие ранее раздельно земельные наделы и хозяйства сливались в единое общегосударственное предприятие, посвященное богу Нин-Нгирсу. Обслуживающие это сведенное воедино хозяйство работники были лишены собственных участков, разделены на отряды и поставлены на натуральное довольствие, подобно тому, как это было при правлении Аккадской династии. Таким образом, как видим, на словах Гудеа отдавал дань давней шумерской традиции, на деле же последовательно придерживается линии Саргонидов.
Все собранные средства правитель Лагаша направил на храмовое строительство. Гудеа построил – или, скорее, отремонтировал и возобновил – по меньшей мере пятнадцать крупных храмов. Наиболее важным стало сооружение поражавшего своим великолепием и роскошью центрального государственного храма Э-Нинну, располагавшегося в городе Нгирсу и посвященного богу Нин-Нгирсу. В надписи на одной из статуй Гудеа сказано: «Когда Нингирсу на город свой благосклонно взглянул, Гудеа в благочестивые пастыри в стране он избрал, из числа 216 000 человек руку его взял – (то для Нингирсу) город он очистил, огнем осветил, для кирпичей установил форму, как оракул, судьбу (каждого) кирпича определяющую. […] Для Нингирсу, своего хозяина, все необходимое он видимым сделал. Его сверкающий Энинну – птицу Анзуд – он построил (и) на место свое вернул, внутри него его любимую террасу в аромате кедра для него создал. […] Когда Энинну для Нингирсу он построил, Гудеа, энси Лагаша, роскошно его украсил. Храм, подобный этому, ни один правитель (до Гудеа) Нингирсу не построил, а он построил. Имя (свое) он начертал, все необходимое видимым сделал, приказы Нингирсу точно исполнил. Из района Маган диорит он вывез (и) в статую свою превратил. Он назвал ее „Хозяину моему храм