После этого Ибрахим-бай возвёл новое каменное здание для медресе и оповестил Марджани, что шакирды могут заселяться туда. Хотя Марджани и ответил ему, что шакирды переедут в новое здание лишь после полного перехода медресе в распоряжение жителей прихода, Ибрахим-бай не принял это условие. Позже он всё же согласился, но уже жители прихода отказались заселять шакирдов. Для решения этого вопроса Ибрахим-бай даже обращался к инспектору татарских школ и известному востоковеду Радлову, но ситуация осталась без изменений[45].
Следует заметить и следующее: после переезда в новое здание медресе муллы Казани написали в Духовное управление жалобу на Марджани, будто он начал пост в рамадан на один день раньше. Под этим предлогом Управление на полгода лишило его указа и отстранило от обязанностей имама. Естественно, на принятие такого решения повлияли и его отношения с Ибрахим-баем. Позже выяснилось, что в Стамбуле, Харамайне [Мекке и Медине], Шаме, Бухаре начали поститься именно на день раньше, и что Марджани был прав. После проведённого расследования Марджани был возвращён указ.
(Про Ибрахим-бая нужно заметить следующее: какими бы холодными не стали его отношения с Марджани, он никогда не переставал помогать ему материально. Даже когда Марджани был лишён указа, Ибрахим-бай продолжал посылать ему подарки. В этом отношении Ибрахим-бай не изменился. Об этом рассказывает один из родственников Марджани Сафиулла-хазрат. Это тоже немалые старания.)
После этих событий медресе Марджани начинает развиваться, с каждым годом растёт число шакирдов. Спустя несколько лет некоторые части здания немного обветшали и стали непригодными для проживания шакирдов. Тогда богатые люди прихода Марджани и его друзья из других медресе на общие деньги начали строительство каменного здания, ныне известного как медресе Марджани (медресе «Галия»). 13 зу-л-каада 1298 х. / 25 сентября 1881 г. здание было сдано в эксплуатацию, в него заселились шакирды, и начались занятия. Наибольшую помощь в этом деле оказал друг Марджани Сафа-хаджи Галикаев, который вложил в строительство около семи тысяч рублей. Больше всего усилий же приложил заведующий медресе Зайнулла ибн Гусман (Зайни-хаджи), совершивший паломничество вместе с Марджани.
Здание медресе было спроектировано таким образом, что длинный коридор разделял его на две части, по обе стороны от коридора располагались комнаты и классы. Это медресе было самым совершенным и современным учебным заведением тех лет. Марджани проработал в нём восемь лет – до конца своей жизни.
Марджани не только хотел построить красивое медресе, также он хотел привить своим шакирдам определённые правила. Не известно, что до этого времени в других медресе были заведены