Как бы Ибрахим-бай ни уважал Марджани, он всё же не отказывался от своих шуток, вёл себя с ним так же, как с остальными муллами и хотел помыкать Марджани. Но Марджани был серьёзным человеком, и его высокая натура не позволяла ему быть игрушкой в чужих руках и следовать за чужими взглядами, поэтому и с Ибрахим-баем он общался довольно сдержанно. Он считал унижением жить как некоторые муллы и слуги бая, смотрящие ему в рот, поэтому не возвеличивал его больше заслуженного.
Кроме этого Ибрахим-бай получил кое-какое образование и имел небольшие знания в области морфологии и синтаксиса, поэтому он вмешивался в образовательный процесс медресе, а иногда даже отменял приказы, вынесенные тем или иным учителем. Когда однажды Марджани решил отчислить из медресе ученика, не отличавшегося прилежным поведением, Ибрахим-бай высказал ему: «Почему ты без моего разрешения отчисляешь учеников из моего медресе?», наговорил ещё много некрасивых слов и запретил выносить решение об отчислении. Вдобавок этот ученик не брезговал лгать и частенько рассказывал Ибрахим-баю, будто Марджани распространял слухи о нём и высказывал противоречащие шариату речи. Именно он и стал первой причиной напряжённых отношений между Марджани и Ибрахим-баем, из-за него произошло немало смут. Среди людей того времени эта история запомнилась как «История Бей Хасана».
После этого между Ибрахим-баем и Марджани произошло ещё несколько событий. Однажды Ибрахим-бай сказал ему: «После вечернего намаза я устраиваю собрание алимов и хотел бы, чтоб ты присутствовал на нём». На что Марджани ответил: «Я обещал одному человеку, что после вечернего намаза приду к нему», упомянув при этом имя одного бедняка. Ибрахим-бай подумал, что Марджани не сможет предпочесть его какому-то бедняку, и всё же устроил собрание. Он даже не мог предположить, как можно оставить богача и уйти к бедняку.
Марджани же сначала выполнил своё обещание и лишь потом пришёл на собрание. Ибрахим-бай очень разозлился и высказал много некрасивых слов перед всеми собравшимися. Марджани же сказал, что сначала следует посетить того, кто первый пригласил, кому первым было дано обещание, потому что шариат велит поступать именно так.
В другой раз Ибрахим-бай решил посмеяться над Марджани так же, как он это делал с другими муллами. На что Марджани сказал: «Если ты не прекратишь издеваться подобным образом над людьми, ноги моей больше не будет в твоём доме».
Но такое отношение и такое общение было не по нраву хозяину медресе Ибрахим-баю, и их отношения дали трещину. Льстивые муллы, крутившиеся возле бая, всё больше начали пересказывать ему дурные сплетни про Марджани. Некоторые даже говорили: «Взгляды Марджани противоречат шариату. Есть сомнение,