Эта ситуация больше всего навредила медресе и талантливым, влюблённым в знания и подающим надежды шакирдам. Хоть они и устроили собрание, где заявили, что ни у кого, кроме Марджани, они обучаться не будут, так как не хотят потратить свою жизнь впустую, был оглашён приказ об отчислении шакирдов, не посещающих уроки Сагид-хазрата, и они были вынуждены со слезами покинуть медресе. Так, самое перспективное медресе смогло сохранить лишь 5–6 шакирдов и стало похожим на развалины. А ученики Марджани разбрелись по другим учебным заведениям.
Эта история сильно подействовала на Марджани. Должно быть, он перестал возлагать надежды на работу в Казани. Шакир ибн Мухаммаджан Казаков рассказывал, будто Марджани поделился с одним из друзей: «Если на этой земле я не смогу служить знаниям, у меня есть намерение переехать в земли ислама, в сторону Багдада». В это время все казанские муллы были настроены против Марджани, было сложно устроиться на работу, поэтому он был вынужден предпринять какие-либо меры, и пришёл именно к такому решению.
После этого ситуация была тщательно рассмотрена, и выяснилась невиновность Марджани. Тогда весь народ прихода объединился, сказав: «Нельзя снимать с должности столь образованного человека лишь из-за такой мелкой погрешности по прихоти некоторых людей. Нам не нужен другой имам». Новый приговор был рассмотрен в Министерстве внутренних дел, и спустя год, 12 шавваля 1271 х. / 17 июля 1855 г., Марджани был вновь утверждён на должность имама. В этом деле ему большую помощь оказал Шагиахмет Алкин (отец Саитгарая Алкина, одного из тех, что написали жалобу), бывший в то время полицмейстером в Казани[41].
После получения на руки указа Марджани, которому неуместное вмешательство Ибрахим-бая в его дела надоело, написал заявление в Духовное управление о том, что сам в состоянии управлять учебным процессом и делами медресе, и получил документ, запрещающий другим вмешиваться в эти дела.
После этого многие бывшие шакирды Марджани вновь вернулись в медресе. Он несколько лет руководил медресе по своему желанию и усердно преподавал. Но, разозлившись на то, что в медресе дела идут не по его воле, Ибрахим-бай уменьшил количество оказываемой помощи. Он больше не участвовал в ремонтных работах и не укреплял ветхие постройки.
Марджани неоднократно обращался к Ибрахим-баю с просьбой выделить людей для ремонта здания, но тот остался безразличным. В «Мустафад ал-ахбар» Марджани