Споры и дурная слава, окружавшие Лас Касаса, достигли и Перу: его доводы горячо отвергались в открытом письме, опубликованном в 1570-х годах с титулом «Апология законности правления испанской короны в Индиях, в опровержение фра Бартоломе де Лас Касаса»174; автором письма был местный монах, приятель вице-короля де Толедо. В письме говорилось, что Лас Касас никогда не бывал в Перу и потому ничего не ведает о здешних условиях. По мнению автора, Индии являлись заслуженной наградой Испании за восемь столетий войны против мусульман. Инки правили своими подданными тиранически. Однако Лас Касас, утверждалось в «Апологии», почти убедил императора покинуть Перу, и хорошо, что Франсиско де Витория не открыл правителю правду об инках. Лас Касас же приобрел такое влияние, что мало кто отваживается с ним спорить. Если не установить раз и навсегда безоговорочность прав короны на Индии, это чревато бедой. Некоторые испанцы и без того уже, продолжал автор письма, женятся на индейских принцессах лишь затем, чтобы оказаться в очереди на трон, если инки вернутся к власти.
Монах осуждал тех, кто «под прикрытием борьбы за справедливость пытается наделить индейцев правами… для них неуместными… ибо они зависимый малый народ, коим надлежит управлять извне… Это, вне сомнения, утонченные происки дьявола, коий выбрал своим инструментом церковника и, по всей видимости, ревнителя веры [то есть Лас Касаса], но сей человек рад обманываться, скверно мыслит и пишет и совершенно лишен смирения, как следует из его опубликованных сочинений и из тех хлопот, какие он доставил Перу, когда сюда прибыл вице-король Бласко Нуньес».
В Европе между тем подходил к завершению Тридентский собор, величайшая на тот момент попытка Римской церкви радикально пересмотреть и внести разумные исправления в свою доктрину. Среди итоговых решений, объявленных 3 декабря 1563 года, одно ставило всех без исключения священников под контроль епископов. Это оказалось проблемой для Нового Света, где многие приходы управлялись монахами, а не священниками-мирянами. Архиепископу Мешико / Теночтитлана пришлось нижайше просить папу не требовать непременного соблюдения нового правила на территории его епархии175.
Между тем папа официально одобрил решения Тридентского собора, а 12 июля 1564 года король Филипп принял эти решения в качестве закона для Испании – и для всех испанских доминионов. Тридентскому собору, выразителю контрреформационной идеологии Римской католической церкви, понадобилось два десятка лет на выработку принятых решений, но теперь, когда эти решения были обнародованы, оказалось, что у них имеются далеко идущие последствия. Пий V направил решения собора епископу Санто-Доминго, соответствующие письма разослали и другим епископам Нового Света,