Но вскоре эту часть света сотрясли большие перемены. В Японии в 1568 году свирепый феодал Ода Нобунага захватил Киото и посадил на трон марионеточного сегуна Асикагу Есиаки, властителя области к востоку от Киото, причем действовал он по тайному поручению японского императора. Нобунага стал деспотом Центральной Японии, и начался так называемый период национального объединения. Соратник Нобунаги Тоетоми Хидэеси покорил большую часть Западной Японии, а гибель основных врагов на востоке страны позволила Нобунаге обезопасить свою территорию. Зато «проблема христианства» становилась все более насущной. Обращение в христианство в 1578 году Отоми Йошишиге, одного из наиболее могущественных феодалов острова Кюсю, стало величайшим триумфом иезуитов. Также на Кюсю Омура Сумитаба, местный господин, открыл в 1567 году порт Нагасаки для иностранцев.
Нобунага был убит в 1582 году, но ему наследовал Хидэеси. В последующие несколько лет он укрепил свою власть в Центральной Японии, и символом его побед стал огромный замок, построенный в Осаке.
Тогда в Киото насчитывалось 1500 христиан, а еще больше проживало в окрестностях города. Ими руководил секретарь первого священника Киото, который, когда «бонзы» потребовали изгнания португальского миссионера Вилелы в 1586 году, заявил, что воззрения последнего нуждаются в тщательной проверке. На самом деле этот секретарь тайно восхищался христианством, которое казалось ему глотком свежего воздуха. Возникали и другие оплоты европейской веры, а сам Нобунага, правивший твердою рукой, проявлял удивительную терпимость к христианству.
Новые товары и механизмы, наподобие часов и компасов, доставлявшихся из Европы, начали оказывать влияние на японскую экономику. Былые межрегиональные таможенные барьеры, которые препятствовали развитию торговли, были устранены, как и прежние торговые практики многих гильдий, что фактически представляли собой монополии. Расцвет искусств и обилие интеллектуалов сделали шестнадцатое столетие золотым веком для Японии. Типичными сооружениями того периода были скорее замки, а не монастыри, и замок Азучи-на озере Бива можно признать величайшим архитектурным триумфом Нобунаги. В июле 1579 года Валиньяно прибыл в Японию в качестве провинциала, намеренный действовать осмотрительно, однако радеющий за веру. Он обнаружил на островах 150 000 христиан и около шести десятков миссионеров, из которых большинство были монахами. По его распоряжению стали открывать семинарии для обучения новых проповедников.
Японии предстояло пережить драматический разворот политики при постаревшем Хидэёси в 1587 году, а позднее с островов изгнали даже португальских миссионеров. Но