Усугубляло ситуацию то обстоятельство, что имелись противоречия между церковью и орденами, а также разногласия между самими орденами относительно вопросов, которые виделись весьма существенными. В сентябре 1558 года фра Франсиско де Бустаманте, провинциал (то есть глава) францисканцев Новой Испании, осудил культ Девы Марии Гваделупской, чей образ мистически явился верующим в 1530 году135. Бустаманте обвинил архиепископа Монтуфара в поддержке еретиков (двумя днями ранее Монтуфар призвал восхищаться случившимся чудом). Фра Франсиско уверял, что образ Богоматери – дело рук какого-то индейца, а вовсе не промысел Божий. Доминиканец Монтуфар, выросший в снисходительной к еретикам Гранаде, а позже служивший в монастыре Святого Фомы в Севилье, велел провести специальное расследование. Другие францисканцы тоже выражали недовольство, поскольку культ Девы Марии Гваделупской представлялся им сродни поклонению идолам. Этот случай показателен для характеристики скверных отношений между францисканцами и архиепископом136.
Между тем архиепископ Монтуфар составил прошение, в котором перечислил трудности, вызванные наличием монастырей, где проживало не более двух монахов, – а окормлять этим монастырям полагалось по 100 000 душ. Есть деревни, писал Монтуфар, куда ни один монах не заглядывал добрый десяток лет, а если и появлялся, то лишь затем, чтобы бегло провести мессу, окрестить несколько человек и благословить несколько браков. В попытках избежать назначений в малонаселенные, но обширные области ордена и миссии ссорились, добиваясь доступа к многолюдным и богатым краям. Еще Монтуфар упоминал, что приор августинцев решил назначить две дюжины местных дьяконами и священниками, но мало кто из них знал латынь и почти никто не умел читать на этом языке. (Впрочем, некий доктор Ангиус утверждал, что даже отдельные священники, рукоположенные самим архиепископом Монтуфаром, были «неразумными существами» и не годились для таких трудов137.)
Император Карл поручил вице-королю, одним из своих последних официальных указов, разрешать споры между миссиями и орденами в Новой Испании на том основании, чтобы никакой орден не мог проникать в города, где уже утвердились другие, без их одобрения и разрешения. Монтуфар