В том же 1561 году архиепископ Монтуфар и епископ Кирога, просвещенный утопист, который руководил делами центральной Новой Испании из Паскуаро, выдвинули обвинение против всех трех основных орденов – мол, в Новой Испании эти ордена творят насилие над индейцами. Кирога пояснял: «Когда индейцы отказываются повиноваться, монахи осыпают их бранью и колотят, вырывают им волосы, заставляют раздеваться и подвергают жестокой порке, а затем бросают их в тюрьмы в кандалах и цепях…» Францисканцы фра Франсиско де Рибера и фра Хуан Кихано, оба из монастыря Тлашкала, действительно однажды арестовали некоего индейца только потому, что он непочтительно с ними разговаривал; его привязали к столбу и выпороли158.
Провинциалы всех орденов, трудившихся в Новой Испании, тут же принялись писать письма королю Филиппу, умоляя монарха не навлекать на себя гибель, ибо за его действиями им виделось покушение на прерогативы самой церкви159. Еще они обращали внимание на возрождение старых верований: 11 октября 1565 года архиепископ Монтуфар и другие епископы Новой Испании признали наличие этого явления в меморандуме, адресованном верховному суду (audiencia). В документе упоминалась «великая охота, с какой эти новообращенные индейцы возвращаются к былому идолопоклонству, обрядам, жертвоприношениям и празднествам». Например, жители Чальмы, славного своими мастерами-строителями аграрного поселения в той же котловине, где находился Мешико / Теночтитлан, собирались в труднодоступных пещерах; порой, в Чолуле, они умело маскировали изображения старых богов под христианскими крестами. Подобные шествия и моления проводили касики (вожди), а также бывшие жрецы и колдуны160. Надо признать, что открытое письмо королю оказалось пустой тратой времени. В 1563 году Ликенсиадо Альфонсо де Осегера писал, что францисканцев не найти в Новой Галисии (где он был судьей) из-за бесплодия местности и варварства местного населения161.
Несмотря на эти трудности, в 1563 году первые камни легли в основание собора в Мериде на Юкатане, а завершилось строительство в 1599 году. Этот просторный храм с боковыми нефами во многом походил на новый кафедральный собор в Санто-Доминго162. В 1569 году к возведению аналогичного собора приступили также в стремительно