Высоко-Петровском монастыре строгая уставная служба, улучшалось пение, со временем было организовано два хора, неуклонно утром и вечером отправлялось полное церковное богослужение, подбирались чтецы, в порядок приводились церковные стены, смиренно, но благолепно украшались чтимые святыни.
Владыка, зная отца Агафона еще со времени своего студенчества и памятуя сказанные о нем слова общего их духовного отца, понимал, что в нем может иметь себе надежнейшего помощника во всех своих благих начинаниях, а наипаче в делании духовном, почему и назначил его вскоре наместником монастыря, а 5 мая 1924 года возвел его в сан архимандрита. Вместе с этим отцу Агафону было благословлено вести исповедь приходящих в монастырь богомольцев – мирян и монашествующих.
Таким образом, 1924 год явился началом созидания нового общества о Господе, где все стремление всех членов было только о едином на потребу. И совершилась здесь чудная воля Божия, ибо на почве скорби о разлучении с любимой пустыней положено было пустынными иноками начало пустыни в столице; глубокая печаль была как бы родительницей тихой и вместе с тем крепкой уверенности и радости; стесненность духа успокоилась в тихой и кроткой надежде на Бога.
В этом же 1924 году стала обрисовываться и деятельность батюшки, с наибольшей полнотой раскрывшаяся впоследствии. К слову пустынного, но опытного монаха, ученика старцев, стали привлекаться сердца людей различных состояний, многие задумывались над простым иногда, но всегда вдумчивым опытным советом; боль душевная утолялась, когда в духовнике находили себе не судью, а состраждущего, искусного целителя. Вначале очень незаметно, но потом все больше и больше вокруг клироса, где исповедовал отец Агафон, стали толпиться люди – и москвичи, и приезжие, образованные и простые, взрослые и юные, женщины и мужчины.
Но и это благословенное начало – созидание нового благодатного корабля – не обходилось без испытаний и общих, и частных. Летом того же года зимняя церковь Петровского монастыря была закрыта, и вновь собранное общество должно было искать себе приюта в чужих стенах. И тогда же, летом 1924 года, оступившись при поездке на трамвае, батюшка почувствовал усиление своей болезни – энцефалита. Ноги стали с трудом передвигаться, он стал замечать и замедление в движении рук. Путь, на который его поставил Господь, здесь же требовал как бы искупления, очистительного искушения в болезни; так начертывалось направление внутреннего креста батюшки – несение болезней душ к нему приходящих при собственной тяжелой телесной болезни.
Господь вскоре утешил рабов Своих, и новый духовный корабль опять обрел себе пристанище в стенах Боголюбского храма Петровского монастыря, который был открыт в конце августа того же 1924 года. С радостью и торжеством совершили иноки свою первую