Наступившая война и последующие события мало отразились и на внутренней, и на материальной жизни обители. Хорошо налаженное хозяйство по-прежнему давало простор духовному деланию братства; жизнь под зорким оком отца игумена и старца Алексия по-прежнему текла ровным, широким потоком, питая алчущие скорбные души горожан и поселян, простецов и ученых, мужей и жен…
В конце 1918 года, 2 декабря, отец Агафон был рукоположен во иеродиакона. Это произошло в Москве. В следованной Псалтири батюшки об этом помечено под 2 декабря: «В сей день в 1918 году грешный чернец Агафон рукоположен во диакона в Троицком соборе Данилова монастыря в Москве епископом Феодором (Поздеевским)». Замечательно, между прочим, что рукополагавший епископ был из числа ближайших учеников старца схиархимандрита Гавриила, проходивших обучение и искус в Казани.
Вожделенен был всегда образ иноческого жития для отца нашего, но с особым благоговением приняло его сердце, когда на пути этого жития был он удостоен начальной степени церковного священнического чина. В служении Церкви и Господу как Главе ее сердце инока могло найти большую по сравнению с прежним состоянием радость, большее утешение по мере возрастающих внешних скорбей. В эти годы впервые начал он чувствовать последствия перенесенного энцефалита: изредка немение ног, неудобство при хождении.
В середине 1920 года был поднят вопрос о рукоположении отца Агафона во пресвитера. Намечался конец сентября. Трепеща перед таинством священства, принимая его как незаслуженный дар от Господа, смиренный иеродиакон молил Бога в тайне своей душевной клети о том, чтоб посвящение совершилось или в день преподобного Сергия, 25 сентября, или на другой день, 26-го, когда празднуется память великого апостола любви Иоанна Богослова. Оба эти святых угодника были очень дороги батюшке и любимы им, с их молитвенной памятью желало его сердце соединить день своего священства. И Господь услышал его смиренную молитву: 26 сентября, в день преставления святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова, «грешный чернец Агафон», как свидетельствует об этом запись на полях следованной Псалтири, «рукоположен во пресвитера в храме Троицкого Патриаршего подворья – Святейшим Патриархом Тихоном».
Итак, на 37-м году жизни благодать Божия избрала отца нашего в служители святого алтаря и престола, в совершители Божественной Евхаристии, облекла его правом духовного пастырства и руководства душ. Об этом последнем качестве, получаемом в таинстве священства, очень ярко говорит в своей книге