Фрески и барельефы на правой стороне – «Святые Абдон и Сеннен хоронят христианских мучеников» Гульельмо Кортезе, «Иаков Старший, крестящий волхва Ермогена» Карло Мональди, «Святые Абдон и Сеннен отказываются поклоняться идолам» Джованни Анджело Канини, «Филипп крестит евнуха» Пьетро Пачилли, «Святые Абдон и Сеннен, запряженные в ярмо триумфальной колесницы императора Деция» Франческо Аллегрини, «Призвание святого Матфея» Карло Мональди, «Мученичество святых Абдона и Сеннена» Франческо Мола, «Неверие святого Фомы» Карло Мональди, «Беатификация Грегорио Барбариго» Доменико Корви, «Святой Иаков Младший» и «Святой Павел и Елима волхв» Карло Мональди.
Вернемся к входу в базилику и начнем осмотр боковых нефов, двигаясь против часовой стрелки, справа налево. Боковые нефы базилики имеют сводчатые потолки с неглубокими часовнями, стены между которыми покрыты надгробными памятниками преимущественно XVII – XVIII веков.
Первая капелла Воскрешения (Capella delle Ressurrezione) относится к XV веку. В это время были выполнены фрески с изображением Голубя Святого Духа и Девы Марии. В люнете – фреска Бернардино Гальярди «Бог-Отец» (1654). Алтарь из яшмы в виде древнеримского саркофага украшен картиной Пальмы Младшего «Воскрешение» (1600).
Необычный надгробный памятник кардиналу Франческо Пизани, умершему в 1570 году, выполнен в виде древнегреческого храма с множеством колонн из разноцветного мрамора и алебастра. Над гербом кардинала примостилась «Сивилла» Бернардино Гальярди.
Далее следует капелла святого Антония Падуанского (Capella di San Antonio) или капелла Томачелли, в алтаре которой находится картина XVII века художника Луиджи Примо, прозванного Джентиле «Мадонна с младенцем, святой Анной и святым Антонием Падуанским».
В левой нише – надгробный памятник канонику15базилики и ватиканскому архивариусу Луиджи Оресте Борджиа, умершему в 1916 году. Почти не читаемая эпитафия черными буквами на черном мраморе и реалистически выполненный строго-печальный бюст покойного создан по проекту инженера и францисканского монаха Аристидо Леонори.
Наверху еще одна «Сивилла» Бернардино Гальярди, на этот раз «Куманская».
Третья по счету – капелла Поклонения волхвов (Capella dell’Adorazione dei Re Magi), бывшая капелла Спекки, с надалтарной картиной художника XVII века Карло Маратта, иллюстрирующей этот евангельский сюжет.
Слева от капеллы – надгробие