В XV веке по заказу известного нам любителя карнавалов папы Павла II мастера Джованни и Марко Де Дольчи изготовили уникальный кассетный потолок из дерева с изображениями герба папы – серебряного льва на лазоревом фоне с правой золотой перевязью. Над ключами святого Петра изображена папская тиара (от лат. triregnum – три царства) – головного убора, состоящего из трех уровней9. Именно папа Павел II сменил в облачении папы монолит митры на трехуровневую конструкцию тиары. Две личных тиары поклонник роскоши и красоты Павел II украсил на свой вкус, буквально осыпав их драгоценными камнями, к которым питал необыкновенную страсть.
После смерти папы одних ящиков с жемчугом насчитали 54, а папский племянник кардинал Марко Барбо в одном из шкафов случайно обнаружил тайник, набитый сапфирами.
Самым древним сокровищем базилики являются великолепные мозаики апсиды и триумфальной арки, выполненные в византийском стиле римскими мастерами. Мозаики появились в IX веке во время крупной перестройки базилики папой Григорием IV (827—844)10.
В центре мозаики в апсиде изображена фигура благословляющего Христа, по сторонам от которого стоят святой Феликиссим Римский11 и апостол Марк. Святой Марк обнимает за плечи папу Григория IV, держащего в руках макет базилики; квадратный нимб над головой папы означает, что в момент создания мозаики он был жив и здоров. По левую руку от Христа – основатель базилики папа Марк и святые Агапит Римский и Агнесса Римская. Чуть ниже – Агнец Божий над четырьмя источниками Рая и двенадцать овечек по числу апостолов. Внизу надпись на латыни, в которой папа Григорий IV, восстановивший базилику, испрашивает у папы Марка божьего заступничества в жизни и после смерти: «Vasta tholi primo sistunt fundamine fulcra, quae Salomonico fulgent sub sidere situ, haec tibi proque questo perfecit praesul honore, Gregorii Marce, eximio cum nomine, Quartus. Tu quoque posce Deum vivendi tempora longa, donet et ad caeli post funus sydera ducat».
На триумфальной арке изображен Спаситель с апостолом Петром и Павлом и символами четырех евангелистов.
Аллегорические изображения авторов четырех евангелий в виде таинственных апокалипсических животных, упоминавшихся в Ветхом Завете пророком Иезекиилем (Иез.1:10), описаны в Откровении Иоанна Богослова (От.4:7). Первое животное, подобное льву, стало символом евангелиста Марка, второе – тельцу евангелиста Луки, третье – ангелу с человеческим лицом евангелиста Матфея, четвертое – орлу евангелиста Иоанна.
Три большие картины под мозаикой посвящены сценам из жизни апостола Марка: в центре «Проповедь святого Марка» Джованни Франческо Романелли (1657), по бокам «Мученичество святого Марка» и «Арест святого Марка» Гийома Куртуа12.
В конце XVIII века во время перестройки контрфасада базилики архитектором Джузеппе Валадье