Ее прообрахом послужило описанное в Ветхом завете похожее на шатер строение, называвшееся «скиния» или по-латински «табернакулум», которое до строительства Храма Соломона использовалось евреями как переносной храм для богослужений во время странствий. Ветхозаветная скиния хранила присутствие Божие в находившемся в ней Ковчеге Завета, где вместе со скрижалями Моисея и посохом Аарона находился сосуд с манной небесной18. В католических же и православных храмах в табернакулах (дарохранительницах) сохраняется Присутствие Иисуса Христа под видом хлеба и вина.
Скиния у католиков обычно находится на алтаре или в пристроенном к нему боковом алькове, как в базилике Сан Марко.
Латинская надпись над алтарем Ecce tabernaculum Dei cum hominibus является отрывком из 21 главы Откровения Иоанна Богослова: «И услышал я громкий голос с неба, говорящий: се, скиния Бога с человеками, и Он будет обитать с ними; они будут Его народом, и Сам Бог с ними будет Богом их».
Стоящая на алтаре скиния выполнена в виде круглого храма из серого и красного мрамора. Над ней помещено изображение папы Марка, каким его представлял себе в XV веке художник Мелоццо да Форли.
Две большие боковые фрески выполнены Гийомом Куртуа: «Аарон, собирающий манну небесную» и «Жертвоприношение Аарона». Выбор сюжетов для часовни не случаен.
Аарон был старшим братом Моисея, на которого Бог возложил задачу вывести евреев из Египта в Палестину. Но у Моисея были значительные дефекты речи и тогда Бог пообещал, что Аарон будет его «устами» – по сути переводчиком. После исхода из Египта и построения скинии, Аарон стал первым священнослужителем (первосвященником), в чью компетенцию входило принесение в жертву Богу животных за свои грехи, и за грехи всего народа. В книге Ветхого Завета «Левит» описывается, что когда Моисей с Аароном вошли в скинию, ее наполнило облако, из которого появился небесный огонь, павший на принесенных в жертву животных. Это был знак принятия жертвы Богом.
Согласно Новому Завету истинным первосвященником Церкви Божьей является Иисус Христос. В отличие от ветхозаветных первосвященников, каждый год приносивших в жертву животных за грехи народа, Христос взял грехи людей на себя и своим самопожертвовованием примирил людей с Богом.
Над фресками Гийома Куртуа представлено «Мученичество святых Екатерины Александрийской, Киприана и Мартины Римской» живописца XVII века Чиро Ферри, ученика Пьетро да Кортона.
Конструкция купола часовни выполнена в форме мальтийского креста. Покровителем рыцарей мальтийцев был венецианец Марко Барбо – кардинал базилики Сан Марко, племянник Павла II и соперник